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十年后,即公元1368年,朱元璋在应天府称帝,国号大明，年号洪武，普天同庆,明教教主朱九真亲往加冕。奉明教为国教,以明教教主为教皇,奉左右护法为护国国师，约定明教高层在全国范围内享有初夜权,无论男女。
“停，初夜权这条去掉。”朱九真打断正在拟旨的胡惟庸。
胡惟庸面上神情很是微妙：“可是教皇大人一向爱美少年……”
自濠州和峨眉、丐帮大战一场之后,朱九真的个人威望达到顶峰，教内地位再无颠覆之危机。她便趁势取消了和张无忌的婚约，又为了安抚朱元璋等人，索性宣布终身不婚。此时明教所有人才放下心防，真心接纳了她，连带着对她爱调戏美少年的行径也下意识地给予隐瞒和美化。
朱九真挑眉说道：“本教主貌美如花，青春鼎盛，若是看上了什么人，难道不会自己动手去要吗？初夜权这种落后愚昧的观念，只是野蛮如蒙古鞑子们才能想的出来。本教主洁身自好，焉能与他们同流合污？”
胡惟庸诺诺称是，遂从草诏之中除去这条。
“我虽是明教教主，但是政教分离的一个国家若想稳定发展，繁荣富强，教主必须不过于干涉政事才好。凡武林中事，由我明教掌控；凡庙堂之事，由朝廷自个拿主意。”朱九真说道，“对于大明朝的未来，我有以下几点建议：一是全面发展科学技术，二是注重农业发展，三是鼓励工商业发展，提高商人地位，四是发展海洋运输，促进和外国的交流合作，五是提高女子地位，解开女性思想束缚。这几点建议不分先后，据我看来，倒是第四、第五点更为重要些。”
在座众人都是朱元璋手下亲信，或身经百战，或运筹帷幄，闻言不觉彼此交换了一个眼色，面上明显露出十分为难的样子。
朱九真不悦说道：“难道诸位有什么难处吗？”
刘基想了想，欠身说道：“教皇大人的话，老朽似懂非懂。敢问科学是何意？要如何发展？”
朱九真笑道：“刘先生果然爽快！先师在世时曾传下一书，名曰《缥缈道学》，共三百八十卷，上面记载了物理、化学、生物、地理、天文、农耕、医学等诸多学问，朝廷可遣专人研读，并教化天下。”
李善长面有难色道：“历数各大朝代，无不重农抑商。教皇大人却要提高商人地位，微臣百思不得其解。”
朱九真道：“重农抑商，是担心世人逐利，无人耕种，导致田地荒芜，国基不稳。但若能提高农业生产效率，用少量的人手和土地，供应大量的粮食，国家人人有饭可吃，有衣可穿，又何必一定要重农抑商呢？”
她一边说，一边从袖中取出一本书和一把稻种来：“此书所载杂交水稻技术，若能推广，一亩地足足可产几百斤粮食，辅助农家肥等，再更新农耕用具，产量还可翻番，耗费人力却大大减少，更多的人手便被解放出来，大可发展手工作坊制造业以及商业。”
徐达道：“教主说要发展海运，可海上风浪大，船只不稳，风险不小……”
朱九真朗声笑道：“若要等郑和宝船出来，不知道要等到猴年马月去。罢了，我这里有大型轮船制造术及图纸，可建造出容纳千余人的大型轮船，不惧风浪，性能一流，便和那稻种、缥缈道学书籍一起，当做新皇帝的贺礼，送给你们了。”又扭头对朱元璋说道：“朱元璋你给我听好了，发展海运，必须是国策，你若敢阳奉阴违，整出什么禁海令了，别怪我翻脸无情！哪怕是我死后，亦有武林同道监督着你！”
朱元璋何等人物，连连说不敢不敢，态度恭谨，丝毫没有可挑剔的地方。
朱九真满意地点点头道：“其实你好好想想，我这些建议，与我个人而言，又有什么好处？还不是盼着我大明朝繁荣强盛，我华夏子民能傲立于世界民族之林，姓朱的个个都是好皇帝，能够流芳百世，光照千秋？”
这番话她用上了“游说”的技能，声情并茂，感染力爆棚，惹得众人连连称是，心悦诚服。
朱九真又说：“防民之口甚于防川，不要想着弄什么锦衣卫、东厂内厂，说白了，那都是大唐则天女皇伙同来俊臣等人玩腻了的勾当，武则天死后背上无数骂名，也和这个有关。老百姓们懂得什么？老百姓们要求很低，只要能吃饱肚子，睡个安稳觉，他们怎么会想起来造反？宁做太平犬不做乱离人啊！”
朱九真又将朱元璋扯到一边，私下告诫道：“朱元璋你身边的这些文臣武将，有的是我明教出身，有的是一路跟随你的好汉，有的是有经天纬地之才的贤人，这些都是我大明朝的顶梁柱。他们哪怕权力再大，却是忠心耿耿，你对他们，可以制衡，可以贬谪，这都是帝王心术，但不能轻易打杀啊！切记！切记！”朱元璋点头称是，谨记于心。
朱九真又向着众人肃然说道：“我还要给诸位讲一个故事。我小的时候，有次去一个陌生的大城里头玩，因我是偷偷跑出来的，等到了那座城市的时候，已经衣衫褴褛，满面尘灰，跟个小叫花子没什么两样了。但是我囊中有钱啊，我从家里带了大约一百两黄金。我心想，只要我在金铺里换了钱，就可以买新衣服，吃好吃的东西了吧。所以我去了金铺，你们猜怎么着？”
她见众人都摒神静气地听着，方笑了一笑，说了下去：“金铺老板见我是个小乞丐，便不由分说贪墨了我的二十两金子，又诬陷我是女飞贼，将我送到大狱之中。”众人听到这里，都“呀”了一声。
朱九真笑道：“我当时傻啊，觉得自己既然不是女飞贼，那么官府早晚会还我一个清白的。结果呢，押我入狱的官兵贪墨了我的四十五两金子，知府的师爷贪墨了我十五两，知府大人昧下了最后的二十两，我的飞贼罪名算是坐定了。”
“后来呢？”有人问道。
朱九真道：“我既有武功在身，自然不惧牢狱之灾。不但在狱中成了大姐大，还破狱而出。后来，我把这段经历讲给别人听，他们纷纷骂我傻！骂我笨！”
胡惟庸最先反应过来：“岂有此理，一个人被官府冤枉成飞贼，受尽牢狱之灾，反倒是他的不是了！大元律令混乱，政治昏聩，可见一斑。”可是他们却不知道，朱九真的这段经历是在大航海世界中，那时候当政的朝廷，恰恰正是明朝。
朱九真不动声色，继续说道：“我当时就觉得委屈。就算我再傻，再笨，但是却并没有触犯什么法律，官府凭什么诬陷我，指鹿为马？吏治如此，路人不去指责朝廷的不是，反去骂我，可见路人已经对朝廷失望透顶了，却又无力反抗，只能捏着鼻子适应这种不合法合理的社会状态。但是我不是啊，我有雄心壮志，有一身本领，有热血有梦想，凭什么去适应社会而不是改变社会？所以当时就存了，推翻这个黑白不分、烂透了的朝代的念头。”说到这里，朱九真向众人笑了一笑，“感谢诸位，感谢上天，教我终于看到这一天了。”一边说，一边恭恭敬敬，向在场诸位深深鞠躬行礼。
场上诸人慌忙磕头回礼，连声说不敢不敢。
朱九真笑道：“这没什么不敢的。我今天给你们讲这个故事，只是想告诫你们，无论什么时候，我大明的吏治、大明的风气，万万不能沦落到这份儿上。世间百姓大多逆来顺受，但总有喜欢激浊扬清的意气书生，总有立志伸张正义的武林豪侠。虽然我知道朝廷肯定很讨厌这两种人，但若朝廷真是昏庸*到这份儿，哪怕侠以武犯禁，儒以文乱法，也是国家活该，你们这些做臣子的也得生受了！”
“武林至尊，宝刀屠龙。号令天下，莫敢不从，倚天不出，谁与争锋？”朱九真慢慢说道，“你们知道这句话什么意思吗？宝刀屠龙是朝廷，倚天剑代表着江湖。这话的意思是说，皇权是王朝的顶端，因此号令天下，莫敢不从。但是若是拥有皇权的人荒淫无道、或贪财、或好色、或昏聩无能、或重用佞臣、或者不爱江山不爱美人，过于痴情致使后宫鸡犬不宁，或者喜欢发展业余爱好如炼丹修道、做木工活却不理政务者，自有江湖豪侠横空出世，一击必杀，为民除害。朱元璋你可听清楚了？莫要忘记传给你的子子孙孙！”
朱元璋的登基大典上，朱九真身穿黑色冕服，浅红长裙，盛装出席加冕仪式，她居于高台之上，为朱元璋加冕，祝祷道：“大明朝当无汉唐之和亲，无两宋之岁币，天子御国门，君主死社稷。惟愿大明政通人和，万年盛世，惟愿华夏千秋万代，长治久安。”