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“拉萨”在藏文中为“圣地”之意，长期以来一直是西藏政治、经济、文化、宗教的中心。金碧辉煌的布达拉宫是所有藏传佛教徒心中的圣殿，大昭寺则因为其中供奉的释迦牟尼的佛像而成为拉萨的中心。作为藏传佛教的圣地，拉萨有1300年的历史。
公元七世纪时，西藏地区的各个部落经过多年的和战，集结成三个大的势力，即山南河谷的雅隆部落联盟、阿里地区的象雄王国和雅鲁藏布江以北的苏毗部落联盟。这时拉萨河的古名“吉曲”已经出现，被称为“吉曲考”（拉萨河流域）的地方已经为人所知。那时吉曲河流域属于苏毗部落联盟统治。公元7世纪初，雅隆部落首领朗日松赞率兵北上，一举成为整个吉曲（拉萨）河流域的主宰。朗日松赞的儿子松赞干布在平定雅隆部落内部的叛乱后，又征服附近的其他部族，完成青藏高原的统一，将首都定在逻些（拉萨），从此拉萨成为藏区的中心，大昭寺和布达拉宫都是始建于松赞干布时期。
大约在9世纪中叶，吐蕃王朝土崩瓦解，藏区陷入分裂状态。直至公元13世纪中期，以藏传佛教萨迦派为首的西藏各教派领袖归顺元朝，西藏从此由分裂走向统一，正式纳入中国版图。藏族人将雅鲁藏布江流域，以拉萨为中心的地区称为前藏，以日喀则为中心的地区称为后藏。这期间前藏处于帕木竹巴王朝的统治下，首府是雅隆地区的乃东。后藏在萨迦王朝的统治下，首府在后藏萨迦地方。后藏的萨迦王朝后来为巴第悉政权取代，首府是日喀则。虽然八百年间拉萨并未处于西藏权力的中心，但是它一直是西藏最古老最神圣的城市。
西藏历史上把吐蕃三大法王对佛教的传播称为前弘期，不过佛教在吐蕃的末代王朗达摩时期遭到毁灭性的破坏。10世纪时戒律从阿里古格和青海丹底先后传入卫藏，佛教在拉萨及其周围重新传播，史称藏传佛教后弘期。藏传佛教在后弘期形成四大教派，宁玛派（红教）、葛举派（白教）、萨迦派（花教）产生较早，这些教派同不同的势力结合，统治周围的地区。14世纪时由宗喀巴兴起的格鲁派（黄教）后来者居上，逐步成为势力最大的教派。
现在拉萨的三大寺庙哲蚌寺、甘丹寺、色拉寺都是格鲁派的寺庙。后世西藏的两大宗教领袖达赖和班禅也都是黄教领袖。达赖的册封始于明初时的蒙古的俺答汗，班禅的册封始于明末的蒙古的固始汗，然后他们分别追认到前代宗喀巴大师的两个弟子。1642年，应五世达赖的要求，驻牧青海一带的和硕特蒙古首领固始汗领兵入藏，消灭藏巴第悉政权，五世达赖在固始汗的支持下建立了甘丹颇章政权，拉萨再度成为西藏政治、文化、宗教的中心。
清朝初年两次西藏叛乱平定后，最终确立了西藏宗教合一的政体，达赖和班禅兼宗教政治领袖于一身，下面设立各级葛厦政府。达赖驻锡拉萨的布达拉宫，管理前藏事务，班禅驻锡日喀则的扎什伦布寺，管理后藏事务，其余的地方由清朝的卫所管理。
五世达赖是对拉萨城作了大规模的兴建，其中布达拉宫到此时几乎已经化为一片废墟，于是他在红山上重新兴建布达拉宫，作为甘丹颇章政府的驻地统领全藏，以后历代达赖都对它寺庙有过扩充。拉萨的另一处名胜达赖的夏宫罗布林卡，也是甘丹颇章政权时期逐步建成的，是甘丹颇章政权夏天的办公地。
在松赞干布以前，藏族人主要信仰象雄王国传来的苯教，松赞干布崇佛后实行抑苯兴佛的政策，不过苯教从来都没有消失，在民间有深厚的信仰基础，直到现在都有不少苯教寺庙。除了佛教寺庙外，在拉萨南部还有两座清真寺，这是为南亚的穆斯林商人修建礼拜用的。在药王山北面的磨盘山还有一座关帝庙，这是驻藏大将军福康安修筑的，正殿供奉蜀汉大将关羽。