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就在林清华为吴三桂命运操心的时候，吴三桂却正在开封周围东躲西藏。自从他从民兵的伏击圈中逃出来后，就一直在开封以南转悠，因为附近的民兵武装很多，对过往的行人盘查很严，凡是可疑的人全部抓起来送到西平寨。而吴三桂早已剃了头，脑袋后面的那根辫子使他难以伪装，所以他不得不到处躲避追捕。这样逃了几天之后，他随身带的干粮已全部吃完，眼看就要挨饿，万般无奈之下，他只得挺而走险，趁着天黑，到一个村子里抢东西吃，不料被村民所养的狗发现，行踪暴露，逃跑时所骑的战马也被火枪打伤，没走多远战马便死了。
吴三桂只好躲藏在一个树林里，靠着马肉熬了十天，但没多久民兵的搜索力度明显加大了，因为林清华已悬下重赏，凡是找到吴三桂的尸体或是抓住吴三桂的人，重赏白银五百两。
吴三桂被逼无奈，只好从藏身处逃走，在跋涉了三天之后，终于抵达开封附近。此时的吴三桂已饿了整整三天，身上的所有东西也全部丢掉。由于他的脑袋后面还拖着辫子，行动十分不便，他为了顺利逃到北京，只好用随身小刀将辫子割掉，并把头剃光，想化装成和尚。为了弄到僧袍，他只得在附近到处寻找，终于找到了一座寺院。
这座寺院名为“普济寺”本是开封城南的一座较大的寺院，鼎盛时期寺中有僧人三百多人，而现在由于多年的战乱和饥荒，寺中只剩下了十五个老眼昏花的老和尚，所以吴三桂就很容易的趁着夜黑溜了进去。
进寺以后，吴三桂东找西找，好不容易才在一个禅房里偷了件破僧袍，接着他又溜到厨房里啃了两个素面馒头，喝了两碗冷水，然后在柴草堆里扒开个窝睡了进去。睡到后半夜时，吴三桂忽然被屋子外的脚步声惊醒，他条件反射般跳起来就跑。
寺院很大，吴三桂跑了几圈就跑迷糊了，他怎么也找不到进来时的那个狗洞了，不知不觉他跑进了寺院的后院。这里是和尚们的菜地，种着不少蔬菜，院子的西北角就是茅房，茅房紧邻着寺院的围墙，而紧靠着茅房有一棵老树，顺着老树就可以爬到茅房上，再从茅房顶上爬到围墙上。吴三桂看得真切，所以他立即将僧袍的下摆系住，跑到茅房下开始爬树。虽然吴三桂年纪不小了，但多年的军旅生涯使他的身手仍很敏捷，所以他很快就爬到了树枝上。正当吴三桂站在树枝上想继续爬到茅房上时，忽然“啪”的一声，他硬是将树枝压断了。情急之下，吴三桂拼命想抓住茅房顶上的稻草，但那用绳子绑住的稻草房顶怎能经得住他的体重？只听“扑通”一声，吴三桂两只手中各抓着一束稻草跌进了茅房脚下的粪坑之中。这粪坑是僧人们用来堆肥的，里面积满了大粪和水，而且坑很深，足有一丈。吴三桂跌进去后立即喝了几口粪水，呛得他眼冒金星，他拼命想爬上去，但坑壁四周都很光滑，根本用不上力。挣扎了一阵后，吴三桂筋疲力尽，终于淹死在粪坑之中，一代枭雄，历史上最大的汉奸就此殒命。
正当吴三桂在粪坑中挣扎的时候，林清华也没闲着，他正在冥思苦想，俯在桌子上认真画着一幅草图。开封会战结束后，林清华被镇虏军的巨大伤亡所震撼，他感到自己曾引以为傲的全火器部队已经不可能独领风骚了，虽然清军仍是火绳枪为主，但仍给镇虏军造成重大伤亡，而他也亲眼看到，在黄得功的部队中也出现了数支和左梦庚一样的装备着燧发枪的全火器部队，而且据潜伏在武昌的细作报告，左梦庚继续从南京购买燧发枪，试图也把自己的部队变成像镇虏军一样的全火器部队。
在这些事情的刺激下，林清华决定改进镇虏军的武器装备，用更好、更先进的武器武装镇虏军。林清华打算研制一种后装线膛枪，用这种枪逐步替换前装枪。
要想制造后装线膛枪，就离不开冲压机和车床，而这两种机械必须要有动力来驱动，在目前的生产条件下，最好的动力恐怕就是水力了。
林清华在上学的时候就对机械很感兴趣，所以设计简单的冲压机和车床并不太困难。他设计的冲压机结构很简单，就是一个冲台加一个冲锤，在冲台的四个角上各有一根定位槽，均长一丈，它将用来限制冲锤的运动路线。冲锤是一个五百斤重的铁块，顶上有一个铁环，上面拴一根铁链，铁链穿过一组滑轮组，连接在由水车带动的一个绞车上。当水车转动时，带动绞车旋转，绞车拉动铁链，进而将冲锤缓缓提起，当冲锤到达定位槽的顶端时，绞车在工人的控制下与水车脱离，这时铁链就松了，而冲锤则在重力的作用下快速下落，击打冲台。
冲压机主要是用来加工枪管的膛线的，这种加工膛线的方法是林清华根据抗战时期根据地兵工厂的土方法改进的。这种方法较简单，先制造一个枣核形的硬度极高的钢模，在钢模的四周欲先刻上几根凸起来的斜线，然后将此钢模放入枪管毛坯，在其上插一根很硬的钢条，直径小于枪管，接着便将其放在冲压机上进行冲压，直到将钢模从枪管的另一头打出来，这样，一根线膛枪管就算是初步做好了。
除了用来加工膛线以外，冲压机还能用来加工金属弹壳。不过，至于到底能不能用这种粗糙的冲压机造出弹壳来，林清华心里也没有底，毕竟没有实验过，他让工匠们先制作了一台人力冲压机，在这台机器上进行实验。实验的结果是令人鼓舞的，虽然没有冲出完整的弹壳，但冲出了许多比较规整的铜盅，这些铜盅长度约为三分之一寸，而且厚薄均匀。林清华决定改进这种弹壳，比照猎枪子弹制造一种前部为纸筒，后部为铜盅的混合型子弹。
车床的制造就比较困难了，虽然林清华努力回忆，并画了详细的图纸，但工匠们还是琢磨了十几天，最后终于做出一台简陋的车床，由于没有适合的刀具，所以这种车床的效率很低，而且废品率也比较高，但林清华还是很满意的，毕竟这个时代的技术只能做到这样了。
枪和子弹的问题解决了，剩下的就是火药了。现在各国所用的都是黑色火药，这种火药的威力较小，而且点燃后的烟雾很大，更为严重的问题是它燃烧后的残留物较多，若是用在前装枪上问题不大，但若是用在后装枪上就不行了，每发射几发子弹后，枪管中就会留下许多污垢，若不及时清理的话，很容易发生炸膛事故，危及射手安全。
解决这个问题最好的办法就是制造无烟火药。无烟火药通称硝化棉，是用棉花或其它植物纤维放入硝酸中进行硝化而成的，这种硝化棉俗称强棉，燃烧速度快，并不适用于线膛枪，线膛枪所用的火药为弱棉，是在强棉中加入钝化剂后制成的，它的燃烧速度比较慢，能保证火药燃烧完全，子弹的射程也就远了。
要想制无烟火药，就必须先制硝酸，而硝酸的制造又离不开硫酸，所以林清华让工匠们动手制造了几个陶罐反应器，用接触法制造硫酸，接着用制出的硫酸与硝石反应，从而得到硝酸。
有了硝酸，制造无烟火药就不是难事了，而且子弹上的底火所用的雷酸汞也可以制造了，更为重要的是，以硝酸和甘油为原料的硝酸甘油也能制造出来，再用吸附力强的多孔物质将其吸收，那么爆炸力强、安全性高的军用高爆炸药就能装备军队了。
为了保持自己在这种先进武器上的垄断性，林清华决定用一种特殊的方式来生产硝酸、硫酸和雷酸汞。他准备修建一个大型的全封闭式的工厂，工厂的四周被三丈高、一丈宽的围墙围起来，然后他准备向朝廷上道奏章，以修建防御工事为借口，向朝廷索要数百名被判了斩监候和绞监候的死囚，把这些死囚关进这座工厂，让他们来生产雷酸汞等物。为了保证生产质量，这些人将被分成三十个组，每一批生产出的东西都要严格验收，若是质量不合格，那么整个组的人都要受到惩罚。这些人除了不能出工厂以外，其它的待遇都很好，每人一间单独的小屋，每天有酒有肉，而且若是其本人提出申请，那么可以允许他的家属前来与其一起生活，不过进来以后就再也不能出去了。
为了保卫这座工厂和看住这些死囚，林清华决定把他的卫队扩充到一个旅，称为“近卫旅”由其负责工厂的安全。这支部队将长期守卫工厂，并将不定时的进入工厂进行检查，以防其中的死囚造反。
这些只是林清华的初步构想，要想将其实现，还需要时间。首先要做的就是选一处山溪较多而交通便利的地方，把生产线膛枪的工厂建起来，经过派人勘察，林清华决定在豫鄂交界的桐柏山中建造枪厂，在镇虏军三千人扫荡了那里的土匪后，枪厂就动工兴建了，与其同时动工兴建的是位于桐柏山脚下的火药厂。
在这些工厂兴建的同时，林清华将镇虏军重新进行了整编，将原来的白旺的人马和其他的一些军队并入镇虏军，并从民兵中又招募了一些人，从而将镇虏军扩充到了十五个师。随后林清华对这支部队进行了强化训练，特别是各级军官，由于很多军官是从士兵提拔上来的，所以素质不高，必须通过军校对其进行严格的培训。
经过两个月的努力，军队的士气又恢复了，而且枪厂和火药厂也已基本完工，可以进行生产了。正当林清华踌躇满志的要把镇虏军变成一支真正的现代化军队的时候，一个从西安传来的消息又让林清华感到不安了。
原来，自从中原大会战结束以后，山西、河南、山东已全部重新归明朝所有，而满清所能控制的地区仅局限于直隶、陕西、蒙古，由于阿济格所率领的陕西清军精锐尽失，陕西的兵力空虚，加上多尔衮准备调集兵力固守直隶一带，所以他下令驻扎陕西的清军大部绕道蒙古撤到直隶，而留在陕西的清军不过只有近一万人的汉军部队。正因为这样，占领着四川的张献忠准备派兵从川北进入陕西，占领关中地区。
另外一个让林清华感到意外的消息是，在陕西南部的终南山一带活动着一支忠明武装，他们约有三万人，首领是明朝副都统孙守法，他们先是抵抗李自成的大顺军，后来又与清军作战，现在孙守法趁清军兵力空虚之机，派副将贺珍与另一名忠明武装首领武大定合兵三万人，攻打西安。由于消息闭塞，所以无论是朝廷还是林清华，以前都没有注意到这支武装。
现在让林清华为难的是，到底是应该先休整一段时间呢，还是先带兵前往陕西，将清军彻底赶出陕西，并阻止张献忠对陕西的进攻呢？林清华左右为难，始终拿不定主意。