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任何一个民族的起源，都是根植于它的历史文化土壤中，后人通过探索和研究一个民族的历史文化，总是可以触摸到尘封在岁月苍桑中的记忆，随着研究的深入，一个民族兴起、发展、兴盛以至衰亡的脉络就会变得明晰和连贯起来。从春秋战国时代起，在上下四千多年的漫长岁月里，以新疆为中心的西域广大地区，一直是中国西部各民族兴衰盛亡，此消彼长，交汇融合的的历史大舞台和多元文化的博物馆。
独特的地理构造和山川大势对生息于此的各民族具有深刻的烙印和厚重的文化的型塑作用。新疆天山南麓的塔里木盆地，其地理地形构造是西、北、南三面环绕着高大的山脉，地势向东北倾斜，难免为昆仑山脉和喀喇昆仑山脉，西面和北面为号称“万山之祖”的帕米尔高原和横亘新疆中部的天山山脉，东南为稍低的阿尔金山，中部是地质年代由于地壳隆起而形成的内陆湖，在干燥的气候作用下，逐渐干涸，终于形成了塔克拉玛干大沙漠。盆地周围是环形高耸的群山，雪山积雪融化形成了大大小小的河流，如同乳汁，滋润着星罗棋布在沙漠四周的片片绿洲，这些绿洲上三千多年来，生活着西部各民族人民，演绎着他们的人间悲喜剧，创造和传承着丰富多彩的多民族文化。
维吾尔族主要生活在新疆天山南部地区，进入20世纪后，随着北疆地区社会、经济的变迁，世居南疆地区的众多维族人迁徙到北疆地区。关于维吾尔族族源的研究是学术界历来争论不休的问题，主要论点有“回鹘说”和“突厥说”两种。
回鹘说——在中国学术界传统的说法认为维吾尔族的祖先就是公元九世纪从漠北进入天山南北定居的回鹘部族，也就是所谓“维吾尔一词，与中国古书上的乌护、韦护、回紇、回鹘，实为一词。”甚至认为“回鹘或维吾尔，也非新疆的土著民族”马松舲在现代新疆民族一文中写道：“维吾尔即回鹘族，皆由uigur之译音。元史作‘畏兀儿’”杨建新著中国西北少数民族一书中“认为维吾尔就是古代的回纥”辞海关于“维吾尔族”词条释为：“古称袁纥、韦纥、回纥、回鹘、畏兀儿等。”对“回鹘”一词释为：“即回纥。维吾尔的古称元明时称畏兀儿。”纪大椿主编的新疆历史词典中，对“维吾尔族”词条的解释为：“北魏之袁纥、乌护，隋唐之韦纥、回鹘以及元明之畏兀儿、畏乌儿，均为自称uigur之译音的不同写法。处游牧于漠北，建立了游牧的封建汗国——回纥汗国。840年被黠戛斯（柯尔克孜族的祖先）击溃后举部西迁，其中大部分移居西域，并与当地居民融合，逐渐形成近代维吾尔族。”新疆简史1980年版中写道：“关于维吾尔族的起源，有的说，他们是公元前3世纪游牧于匈奴之北的丁零的后裔；有的说，他们的祖先同匈奴有某种血缘关系，宗旨，他们是公元前3世纪游牧于我国北方的某个或某些氏族、部落的后裔。”中国少数民族1981年版称：“维吾尔族的族源可以追溯到公元三世纪游牧于我国北方和西北贝加尔湖以南、额尔齐斯河和巴尔喀什湖之间的丁零。”中国民族大学耿世民先生在新疆文史论集中也尊“回鹘说”认为：“维吾尔族在古代汉文史籍中被称为回纥、回鹘和畏兀、畏兀儿。””由此可见，关于维吾尔族的起源于回鹘部族的观点，在建国后形成了传统的说法，再后来的许多研究中，被广泛地认可。
以上观点倾向于维吾尔的族源就是唐、宋时期的回纥（回鹘），有些甚至断定维吾尔族就是古代的回纥，虽然有些学者也承认维吾尔族是一个庞大的部落联盟，但认为联盟的主体仍然是源于漠北的回纥诸部或乌古斯诸部落，即所谓“十姓回纥”和“九姓乌古斯”
突厥说——认为维吾尔族的族源为突厥的观点，是与“回鹘说”同时存在的一种说法，持突厥说的学者认为，突厥世居新疆，从古代起就是天山南北的土著民族，这种说法源于国外的伊斯兰学者。例如波斯历史学家拉斯特在他的著作史集中，记载了11、12世纪伊斯兰教典籍中关于维吾尔族起源的传说。据传说他认为古代维吾尔人的祖先是突厥一分支，原来游牧于中亚锡尔河右岸地区，其首领为乌古斯可汗，后来这一传说被大多数突厥语民族的学者所认可，有学者早在1944年的中央日报上发表文章，认为“维吾尔为突厥至一部，为世界学者所公认，蒙古北乌尔洪河之西有古城卡拉巴拉戛松，乃维吾尔之都。”同时断定“新疆土著民族为突厥民族，突厥一字乃新疆土著居民历史上固有之名词。”在20世纪三、四十年代，许多西方学者也纷纷撰文断称维吾尔族的祖先系古雅利安民族，由此推断雅利安民族就是新疆的土著民族。正如西域史研究专家苏北海先生所概括的“新疆的土著民族，众说纷纭，莫衷一是，一部分突厥民族学者人文自古起新疆即为突厥族祖国所在地，突厥即为新疆的土著原居民，西方学者则认为新疆是雅利安民族的栖息地所在，汉族史籍中亦多记载来自西域之说。”
关于维吾尔族起源的回鹘说和突厥说的争论双方所依据的文献来源不同，因此得出了不同的结果。回鹘说以国内学术界为主体，以汉文史籍为依据，突厥说以国外学者为主体，以伊斯兰教史籍为依据。总体而论，回鹘说和突厥说二者都不免存在着偏颇。我们不妨走出以史籍佐证史籍的误区，从人文地理学的广阔视域出发，以史籍为参照，以西域人文、地理、语言、经济等立体视角着眼，纵观维吾尔族得以形成的历史演变过程，通过综合性研究和探索，才能得出客观的结论。
关于现代维吾尔族的起源，何为主体是争论的焦点，回鹘是从漠北的蒙古草原迁徙而来的游牧部落，突厥汗国也是一蒙古草原为中心的游牧部落，即使是盛极一时的西突厥汗国，其势力范围也仅仅局限在“乌孙故地”未曾进入天山南麓的塔里木流域。从新疆自然地理的角度来看，天山北麓的准噶尔盆地大片的草原，东部与蒙古大草原相连，适宜游牧，历史上的匈奴汗国、柔然汗国、突厥汗国、回鹘汗国都是北部游牧民族先后崛起并建立的游牧民族政权。以横跨新疆东西的天山山脉为界，将新疆划分为南北疆截然不同的两大区域，数千年来，南疆的塔里木盆地的塔克拉玛干大沙漠边缘，因高山融雪形成数十条河流、湖泊和片片绿洲，相对封闭和孤立的绿洲，孕育了南疆地区发达的农耕文明。生息在绿洲上的居民世代从事着农耕生产。这种相对稳定的生产生活方式与北疆草原上“遂水草而居”的游牧生活形成了各具特色的西域文化。这种源于西域一天山山脉为界的自然地理特点而形成的各民族盛衰兴亡的态势，是被世人所公认的历史存在。
南疆塔里木盆地从古老的新石器时代就有了人类居住生活，这一点可以从20世纪初叶出土的一系列新石器时代的器皿如石斧、石墁、石锥、石核等古人类遗存中得到佐证。从公元前后，直至满清的三千年漫长岁月中，在塔里木盆地北部，沿天山南麓形成的绿洲城邦是：哈密(古代称伊吾)、吐鲁番（古代称车师、高昌）、喀喇沙尔（古代称焉耆）、库车（古代称龟兹）、阿克苏（古代称姑墨、拨换）、喀什噶尔（佉沙、竭叉），盆地南部沿昆仑山脉的叶尔羌（古称莎车）、和田（古称于阗）、若羌（古称鄯善）等地的绿洲上，曾经先后建立过数十个绿洲城邦，这些城邦与北疆游牧政权相比，显得弱校，因此往往臣服于北方的游牧政权和中央王朝，并且随着中央王朝和北方游牧势力的消长变更从属关系。这种变迁，从汉代起，我国史籍中就有了连续不断的记载，后汉书。西域传：“武帝时（公元前140——87年），西域内属，有三十六国。”到公元八、九世纪前后，在南疆地区形成了经济、文化十分发达的农业文明。大唐西域记中记载道：“屈支国（汉龟兹）东西千余里。国大都城，周十七八里，宜糜、麦、有粳稻，出葡萄、石榴，多梨、桃、杏，土产黄金、铜、铁、铝、锡。气序和，风俗质。”随着魏晋南北朝时期直至大唐王朝的兴盛，大批汉族人进入南疆地区，中原与南疆绿洲各城邦的交往更加密切，中原汉族文化与南疆原住城邦文化互相融合。关于古代塔里木盆地民族在人种学上的特点，汉文史籍北史中记载道：“自高昌以西诸国人等深目高鼻。”我们将这些正史中的记载和南疆各地千佛洞壁画上的人物画像和现代维吾尔人加以对比，就不难发现维吾尔的人种学基本特征，进一步证实了北史中记载的就是古代塔里木盆地土著初民的人种特点的生动写照。正如中央民族大学耿世民先生在其新疆文史论集一书中概括的：“古代塔里木盆地在纪元后第一个千年期间居住着几个具有较高文化水平的、操不同语言的，一般说属于深目高鼻类型的民族集团。”而这些人就是古代维吾尔族的族源主体。从公元一世纪前后，佛教传入天山南部地区开始，到五、六世纪佛教在天山以南的塔里木盆地，也就是南疆地区达到鼎盛，通过这条最早期的佛教东传线路，佛教不但传入中原地区，也在漠北草原得到广泛传播。公元6世纪到7世纪，当时统治漠北蒙古大草原的突厥汗国普遍放弃自己的原始信仰萨满教而皈依佛教。佛教在漠北草原产生了深远的影响，历经二千多年后，仍然可以在现代的突厥语各民族的生活习俗中找到萨满教的遗存。公元八世纪中叶，回鹘部族兴起，在漠北草原取代突厥汗国，建立了回鹘汗国。
回鹘汗国在历经二百余年后的九世纪中叶，现代柯尔克孜族的祖先黠戛斯部族在北方崛起，在黠戛斯铁骑的凌厉攻势面前，回鹘汗国土崩瓦解，回鹘各部开始大举西迁进入北疆地区的北庭，随后越过天山进入南疆的吐鲁番盆地，在焉耆、库车一代建立了高昌王国。在这个过程中，由东部漠北草原来的回鹘游牧族部落与生活在绿洲城邦的高昌人、焉耆人、汉族人以及部分藏族人相互融合，在文化上受到原住民先进农耕文化的影响，其生产生活方式也发生了深刻变化，从游牧转为定居农耕，发展了工商业，城市文化也逐渐兴起。宗教文化也发生了深刻变化，在南疆地区佛教文化和农耕文明的影响下，回鹘人逐渐舍弃了原来奉行的摩尼教而皈依佛教。突厥融入塔里木河流域的土著居民中，逐渐形成了维吾尔族，这个过程开始于公元十世纪完成于十一世纪。
后世学者所谓的突厥化过程，存在认知上的两大误区：一、突厥化过程是维吾尔族形成的过程。伴随着回鹘进入南疆地区的是伊斯兰教的传入，在这个时期，以喀什噶尔为中心的新疆西南部地区兴起的是喀喇汉王朝（黑汗王朝），以吐鲁番为中心的高昌王国，这两个王朝以突厥人为社会主体，突厥王室成员首先皈依伊斯兰教，随即强制这个地区的原住民放弃佛教而改奉伊斯兰教，因此，正确的认知应当是：所谓的突厥化过程实际上就是伊斯兰化的过程，塔里木河流域的原住民逐步伊斯兰化，而伊斯兰化后的居民自称“突厥”塔里木维吾尔族被称为“突厥民族”之说由此开始。这也是后世学者维吾尔族起源于“突厥说”的缘由。二、宗教信仰的改变形成了维吾尔族。纵观历史，我们似乎可以确定，突厥化等于伊斯兰化，后世坚持“突厥说”学者显然忽视了一个问题：宗教信仰的改变不可能改变一个民族的起源和人种，信奉伊斯兰教的塔里木流域的原住民仍旧是维吾尔族族源的主体，决不会因为改变了信仰，维吾尔族的族源就发生了变化，作为客体的突厥人也就不能成为维吾尔族的祖先，因此也就无法改变维吾尔族族源是当地原住民的历史存在。
尘埃落定——维吾尔族起源的研究在仅三十年中有了新的发展，学者们的眼光从史籍文献中逐渐转向了对世代居住在塔里木河流域土著居民的研究上来了，通过不断的研究，学术界正在形成一种新的共识，这就是：维吾尔族的族源是“以塔里木流域绿洲上的土著为主体，融合西迁的回鹘、突厥等部，形成现代之维吾尔族。”我们从华夏文明发展流变历史中，可以得出一个公认的结论：从事农耕的民族相对于从事游牧的民族具有更加稳定的文化心理，无论哪个民族，只要有适于耕种的土地，人们就会守土为家，在这块土地上繁衍生息。正因为这种生产生活方式的稳定，农耕文化的积累往往比“逐水草而居”的游牧民族丰富和厚重。
从人文地理的角度来看，塔里木流域绿洲地处古丝绸之路的大通道，是中西文化交流交汇交融的荟萃之地，世界三大古代文明的华夏文明、印度文明、希腊文明在这里实现了交汇、融合，因此而形成了具有开放、发达、包容特点的西域文化，这里的土著人就是这种先进文化的传承者，他们才是“西域文化”的代表，在汉唐时期，著名的西胡舞蹈、音乐、服饰、工艺、农桑技艺以及语言、文字、传说等等，无不对中原汉民族文化发生了深刻的影响，这种文化的深厚积累和传承，至今仍然可以见诸于现代维吾尔族人的生活中，不同于回鹘人、突厥人的文化，更不同于其他伊斯兰国家各民族。
塔里木河流域是形成维吾尔族的摇篮，长期定居在绿洲上的土著居民，有史以来一直是这个摇篮最稳定的基本原住民，因为他们又城廓田畜，从事着农耕种植，无需随着牛羊四处游牧，从汉代以来的史籍上，我们几乎找不到关于这个地区的居民迁徙流离的文字记录，他们世世代代生息繁衍在高山融雪滋润的绿洲上，千百年来守土为家，形成了时代沿袭的家族历史，如疏勒的裴姓、龟兹的白姓、于阗的尉迟氏、焉耆龙氏等家族，历史久远，代代沿袭，汉文史籍中多有记载，王族的稳定，有力地证明了社会基本民众的稳定，他们真正是土著的代表，也就是维吾尔族族源的主体。
综上所述，我们不难获得这样的结论：塔里木流域绿洲上世世代代繁衍生息着的土著居民是构成维吾尔族族源的主体。首先，从人种学的角度来看，维吾尔人的体形、体态、体质与古代塔里木流域土著居民十分相似，这从塔里木流域出土的墓葬遗骨中可以得到佐证，也从当地留存下来的石窟壁画中的人物画像中得到佐证，近年来出土的汉代以前的古尸（木乃伊）经过科学化验分析，维吾尔人与塔里木流域土著居民的血缘关系十分明显。其次，从经济生活来看，维吾尔人的经济生活以定居农业为主，其生产工具如坎土曼、二牛抬杠犁等，与文献记载中的魏晋时期塔里木流域绿洲土著居民的工具几乎没有差别，延续至今，其种植业的种类、农作物分布和耕作习惯，也与魏晋时期以来的塔里木流域土著居民的方式相同。再次，从文化素养和生活习俗来看，现代维吾尔人的生活习俗与定居农业密切相关，他们的文化也表现为农耕文化亩漠北草原的游牧文化形成鲜明对照。当然，现代维吾尔人有很多习俗与其他突厥语民族相似，主要是受到伊斯兰教的影响，受伊斯兰文化的渗透而形成，但与人中起源没有关系。最后，维吾尔族以塔里木流域土著居民为主体，他们就是古代的疏勒人、于阗人、龟兹人、焉耆人，在千百年的发展进程中，融合了伊兰人、羌人、粟特人、突厥人、回鹘人、契丹人、蒙古人、吐蕃人、早期的雅利安人和汉族人。（节选）