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荀彧很少随军出征，而是“居中持重”，曹操虽然在外征战，但军国之事都由荀彧调度筹划。曹操问荀彧：“谁能代卿为我谋者？”荀彧说：“荀攸（荀彧侄）、钟繇”。荀彧善于举荐人才，起初举荐了戏志才，戏志才死后又举荐了郭嘉。此外，还举荐了陈群、杜畿、司马懿等人，都是当时名士。
荀彧从出谋划策转为后勤工作，以前干的是张良的事情，现在干的是萧何的事情，而荀彧的侄子荀攸接手荀彧原来军事参谋长的职务，随曹操东征西讨，出谋划策。
荀彧前期举荐的郭嘉，后期举荐的司马懿，陈郡都成为历史上知名人物，司马懿后来成为魏国的顶梁柱，陈郡推出九品正中制为曹魏政权稳定作为不可磨灭的贡献。
公元197年，曹操征张绣，大败而归，这个时候曹魏集团就出现了内部矛盾，怀疑和指责曹操的领导能力和作风问题。
同时袁绍又写信怒斥曹操，一个连张绣都打不赢的人，一个好色没有道德的人，有什么能力和资格匡扶汉室朝廷。
曹操接信后，非常的生气，荀彧说：“自古以来较量于成败场上的，如果真有才能，纵然弱小，也必将变得强盛；如果是庸人，纵然强大，也会变得弱小。刘邦、项羽的存亡，足以可以使人明白这个道理。现今与您争天下的人，只有袁绍了。
袁绍这人貌似宽容而内心狭窄，任用人才却疑心太重，您明正通达，不拘小节，唯才是举，唯才是用，这在度量上胜过袁绍；袁绍遇事迟疑犹豫，少有决断，往往错过良机，您却能决断大事，随机应变，不拘成规，这在谋略上胜过袁绍；袁绍军纪不严，法令不能确立，士兵虽多，却不能巧为任用，您法令严明，赏罚必行，士兵虽少，却都奋战效死，这在用兵上胜过袁绍；袁绍凭其名门贵族，装模作样，耍小技而博取名誉，所以士人中缺乏才能而喜好虚名者大多归附于他，您以仁爱之心待人，推诚相见，不求虚荣，行为谨严克己，而在奖励有功之人时无所吝惜，因此天下忠诚正直、讲求实效的士人都愿为您效劳，这在德行上胜过袁绍。凭借这四方面的优势辅佐天子，扶持正义，征伐叛逆，谁敢不从？袁绍强大又有何用？”
呈明利弊，劝解曹操，失败只是暂时的，人都会因为一些错误，导致失败，只要大方向是对的，最终还是能战胜强敌，赢得最终的胜利。
曹操听后非常高兴，荀彧还说：“如果不先取吕布，那河北也不容易图谋。”曹操说：“诚如您所说。但我所忧虑的，是又怕袁绍侵扰关中，引发羌、胡叛乱，向南引诱刘璋，那样的话我就要用兖州、豫州来对抗天下的六分之五了。那该怎么办呢？”荀彧说：“关中将帅数以千计，没有人能统一起来，只有韩遂、马超最强。他们见崤山以东地区正在争战，必定各自拥兵自保。现在如果以恩德招抚他们，派遣使者与他们通好，即使不能长久安定，但至少在您平定山东之前，足以不生变动。关西的事情可以托付给钟繇，这样您就可以放心出征了。”
荀彧一番话就解决了曹操的后顾之忧，谋士的厉害之处就在这里，他可以纵观全局，分析各个势力的动向，这叫料敌于先，有先见之明。
建安三年（198年）五月，曹操大败张绣；十二月，曹军攻入下邳，诛杀吕布，平定徐州。
建安四年（199年）四月，曹操派部将北渡黄河，击斩依附袁绍的眭固，攻占射犬（今河南武陟西北），控制河内郡（治怀县，今河南武陟西南）。由于曹操在内线作战中，集中兵力，各个击破，速战速决，逐步由弱变强，据有兖、豫、徐等州，为抗击袁绍集团准备了条件。
此时，袁绍击灭幽州公孙瓒，成为北方最强大的割据势力。六月，河北割据势力袁绍统带精兵数十万，战马万匹，企图南下进攻许昌。
围绕着是否抗袁的问题，在曹操集团内部又展开了一场辩论。名士孔融反对与袁绍抗争，他说：“袁绍地广兵强，有田丰、许攸等谋臣替他出谋划策，审配、逢纪等忠臣为他做事，颜良、文丑勇冠三军，为他统领军队，恐怕很难战胜！”
荀彧说：“袁绍兵虽众而法令不整肃，田丰刚愎而好犯上，许攸贪婪而不检束，审配专权而无谋，逢纪果决而刚愎自用，这两人料理后方，如果许攸家犯了法，一定不会放过，不宽纵，许攸必然叛变。至于颜良、文丑，不过匹夫之勇罢了，可以一战而擒!”一席话，坚定了曹操战胜袁绍的信心。
公元200年曹操官渡之战，取得胜利，欲南征刘表，荀彧劝进，应该继续收拾袁绍，为什么曹操会有这种想法？
袁绍跟曹操是哥们，打败了袁绍不打了，先收复姓刘的。
荀彧的想法是咋们的理想是匡扶汉复，先干掉袁绍，平定北方，南方直接招降就可以了，即使不肯降，刘表也是汉室宗亲做荆州牧是合情合法的。
曹操采纳荀彧建议花了七年时间把袁绍及袁绍势力连根拔起，平定了北方。
公元207年，曹操排除众议采纳郭嘉的建议远征乌桓，十二月大胜乌桓而归，这个时候的曹操心态的彻底的发生了变化。
第一件事，是向那些劝进他不要远征乌桓的人道谢。
第二件事，升荀彧的官职，把荀彧从尚书令上推到三公的位置，荀彧拒绝升官。
第三件事，曹操废三公称丞相，南征刘表。
曹操平定了北方，得到了袁绍的地盘，又有献帝在手，一时名望如日中天，曹操为什么做这三件事。
曹操怀疑荀彧想通过郭嘉谋害自己，远征乌桓是送死行为，郭嘉死了，曹操差点也死了。
为什么会怀疑荀彧，曹操收拾袁绍后，这天下剩下的诸侯就剩刘表，刘璋，孙权，韩遂马超。刘表，刘璋是汉室宗亲，做荆州牧，益州牧，镇守地方，合情合理，孙权封个扬州刺史，韩遂马超已经是招安了，这天下基本上算是太平了。
打败袁绍后，就没曹操什么事情了，如果曹操死在千里之外，荀彧就可以做能臣了，治理国家，制订一系列的改革措失，这国家很快就能富强起来，百姓安居乐业，刘表，刘璋孙权也不用去管他们，汉献帝主政，这些人马上就会向朝廷称臣了。
曹操没死，曹操回来后干了这三件事情，明显的是对荀彧有意见，曹操死了，荀彧做司空，荀攸做太尉，孔融干个司徒，再以献帝名义发号施令，刘表，刘璋，镇守地方每年上表朝廷，封孙权为扬州刺史，镇守江东，封马超韩遂镇羌将军，镇边将军，这天下就太平盛世了。
显然荀彧可能是这种想法，大部分的士大夫也是这种想法，接下来的事情荀彧就可以做管仲，华夏第一相，搞改革，强国富民，多好的事情，曹操为什么就不死呢，曹操不死，这国家还要打仗，不知道打到什么时候。
或者说这个时候的曹操根本不再想统一天下，这天下统一了，是篡汉自立，还是被放权后诛灭九族，只有这两种结果。
曹操的第三选择，带着寒士自己建国，把汉朝分了，变成曹魏国，后汉国，江东吴国，荆州国，蜀国等等。五六个国，战国七雄。
自己有生之年，希望促成自保的格局，自己死后，二三十年后，希望自己的子孙，僻如曹冲，僻如曹丕，曹植，把这几个国灭了，统一华夏，立曹魏帝国。
曹操的想法从匡扶汉室的理想，变成把国分了，称王立国。
荀彧的想法是曹操已经完成了自己的使命和理想，曹操要做的事放弃手中的兵权，或者是死掉，我们来接手他的工作。
曹操的子孙后代呢？只要不造反，只要听话，做个将军封个侯没有问题。
汉献帝能放过曹操一族吗？
不会，至少曹操认为汉献帝肯定会诛他九族，历史经验，荀彧不会这么认为，曹操的牺牲，可以换来天下一统是值得和必要的。