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登州一府七县经孔有德叛乱后剩下的百姓不足三万人，加上改为自由民的屯田户，从莱州和山东来投的百姓，整个登州的自由民也只不到八万人。
从辽南陆续迁移来的17万汉民在安置使司的安排下陆续成为屯田户，如此多的人口涌入，登州府周围的土地已经难以容纳，故大勇才又恢复了蓬莱、黄县、福山、栖霞四县县治，利用这四县的荒地容纳迁移民，如此才算消化了这17万人口。
安置使司从地方接手了屯田事项，所有的屯田户一律由安置使司负责管理，同样也是在三年后可以转为隶属登州府县的户籍居民。
等到四县土地全部利用完毕，大勇便要将废弃的招远、莱阳、文登三县也恢复起来。
旅顺那边也是照此办理，知府衙门负责自由民的管理，安置使司则接手屯田事谊，集中管理所有的迁移民。
崇祯七年九月的时候，大勇让安置使司和登、旅官府做了个人口初步统计，计有自由民十一万两千余人，屯田户24万人，总人口35万左右。其中青壮九万余人，其余都是老弱妇孺。
大勇又于崇祯八年一月于登州成立流民收容使司，意图能够吸纳更多的流民来充实登州人口。
这个流民收容使司属安置使司管辖，如此安置使司便成了既招纳流民又负责流民管理的一个核心衙门，其所管理的人口比登、旅的地方官府还要多，负责的事务也是更多。
有人说，负责安置使司的宋光兰其实就是变相的登旅巡抚，这个安置使司就是登旅巡抚衙门。对这种说法，大勇不置一词。
大量移民的涌入，使得铁器的需求呈倍数上涨，登州和旅顺并没有铁矿，而移民开垦土地需要大量的农具，而辽东军自身也需要大量铁器，在自身并不拥有铁矿的情况下，大勇只能高价从莱芜官矿购买，又通过南方郑家的关系从江南购进，如此花费自然又是个大头。辽东军中有人建议大勇索性把那莱芜官太给占了，这种提议自然招到大勇痛斥。
自从沈阳回来，军中已经开始出现不奉朝廷的苗头，尤其是朝廷对辽东大捷装聋作哑，不予封赏更令辽东军上下对朝廷失望透顶，但他们却很少有人会去想朝廷为什么不封赏他们，只一昧的认为朝廷要兔死狗烹，一些激进的将领如土匪出身的李大山，叛军出身的耿仲明等人甚至提出拥兵自重，在这登旅自成一国，这种混帐提法自然又遭到大勇的痛斥。
对朝廷，对崇祯，大勇一直有种愧疚负罪之感，因为造成如今这种局面的不是朝廷，也不是崇祯，而是他施大勇。
对崇祯这位汉人公认的领袖，大勇是怀着一颗赤诚之心拥戴的，他从来没有后世那种忠君是愚昧思想的看法，反而认为应该适应这个时代需求，既然大明的百姓需要皇上，那他就拥戴皇帝。在这民智未开，百姓大多还不识字的时代，搞什么民主共和完全就是扯蛋。现在最重要的是挽救大明的灭亡，其后恢复国力，至于那些理想化的东西还是留待后人自己解决吧。如果后人认为他们不需要皇帝了，那就不需要皇帝，如果后人认为没有皇帝，这个国家仍将是一盘散沙，那些鼓吹自由民主的家伙只是为了息谋利，那这个皇帝还是废不得的。至少，在皇权的面前，中央仍是中央，而不是一群家伙为了谋利的工具。
皇权需不需要限制，当然需要，不过这不是大勇现在考虑的事情。崇祯的性格固然有不足，但不可否认他是一位可以让人接受的汉家皇帝，无论是法理还是人心，崇祯作为天子是被亿万大明子民接受并承认的。
天子守国门，君王死社稷。
崇祯做到了这一点，所以他值得大勇拥戴。如果李家、赵家、孙家的先人也于暴政之中揭杆而起推翻鞑虏，那他们的后人同样也可以做这个皇帝，同样也值得大勇效忠。
之所以不肯进京，不是大勇担心自己会有杀头之祸，以他所立的功绩，崇祯再不待见他，最差也给他个养老的爵位恩养起来，崇祯从来不是一个有功不赏的皇帝。
大勇担心的只是如果真的进了京，他就不能按照自己的意图行事。对朝堂上的东林党，大勇已经失望透顶，如果可能，他甚至都想举兵进京清君侧，将那些朝廷重臣们全部清洗掉，将他们所代表的集团势力全部抹杀掉，但这样做无疑就是扯旗造反了。
大勇不想造反，也不想受制于人，所以他选择不进京，他要奉调不奉召，他要学祖大寿一样，他认为自己这个选择是对的，至少他还是肯为大明卖命流血的。
在这种矛盾的动机下，大勇当然不想部下们会产生不忠朝廷的想法，他可不想有朝一日会被人黄袍加身。
想到自己这幅残缺狰狞的脸会被人挂在太庙里祭祀，大勇便兴趣淡然。
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军队的改编是在登旅安置使司成立前两个月，大勇将军队改名为辽东新编陆军，简称辽东军，下设骑军、步军、水军三部。
骑兵卫整合了辽东军所有的轻重骑兵，指挥使曹变蛟，副指挥使彭大锤，下辖四营，每营兵2000，马4000，全卫拥兵8000。
陆军第一卫由原步军左营两个千户和皮岛明军合编改建而成，指挥使尚可喜，副指挥使向宠，驻地皮岛，下辖五营，每营2000兵，全卫拥兵10000。
陆军第二卫由原步军左营另两个千户及沈阳新降汉军、辽南原明军俘虏青壮合编改建而成，指挥使由从锦州大牢解救出的黄安担任，副指挥使则是耿仲明，同样也是辖五营兵，计10000人。
陆军第三卫则在步军右营基础上扩编成立，指挥使李大山，副指挥使林俊义，也是下辖五营兵，计10000人。
陆军第四卫则由大勇亲兵营及辎重营、辽南青壮合编而成，指挥使由邵武担任，副指挥使宋庆，全卫拥兵10000人。
又设旅顺卫，指挥使李忠辅，副指挥使张存仁。此卫主要由旅顺迁移民青壮和一部分反正汉军组成，主要是承担旅顺守卫，全卫只四营兵8000人。
登州卫指挥使齐三宝，副指挥使王天德，由原辎重营合移民青壮组成，也非野战军，主要是承担登州守卫及地方安靖，全卫五营兵10000人。
原锦州军炮兵营扩建炮兵卫，指挥使由锦州解救出的赵可纲担任，副指挥使陆江，配轻重炮兵四营，计三营9000人。
新设登州炮兵指挥学校，由原川军出身的郭城负责。
新设登州火器研发局，由原锦衣卫南镇抚司工匠出身的麻忠负责。
新设辽东军大营参谋本部，指挥使蒋万里，对外称辽东镇府，对内以参谋部称。
新设辽东军大营护卫亲兵卫，指挥使郭义，副指挥使李固，下设两营4000兵。