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上皇被毒害一案越演越烈，恭王党抓着这茬不放，对皇党是穷追猛打。皇帝看在眼里，怒在心头，私底下叫人加进了动作，面上只不动声色。
恭王党不明所以，只当皇帝是束手无策了，不由都有些自得起来，开始还记得要做的事是大不敬，谨小慎微生怕被人逮住了把柄，这会儿也不由得松懈下来，朝堂上说起话来，声音也大了一圈。
只是谁都不是傻子，对于恭王跳出来指责说今上毒死上皇一事，大家本就是将信将疑，只是因为不能定案，心里才有疑虑，恭王要是一直谨小慎微不露半点破绽也就罢了，如今这幅小人得志的模样，怎么看怎么可疑，怎么看，都是不安好心。那些真正的清流虽不能接受皇帝可能不孝毒死上皇，可同时，也不能接受一个臣子把皇帝逼到了墙角还幸灾乐祸心怀不轨，当即心里因为恭王不久前表现出来的对上皇的孝顺而升起的好感消散了个干干净净，埋头只关注了上皇是否被毒杀一案。
而皇帝还真没交他们失望。不多久，这个众口纷纭的暗自突然就来了个翻天覆地的变化，后宫御膳房的一个姓李太监被分到了有毒的饭菜，还好他吃的不多，不然就得被毒死，慎刑司的人上去调查，不想那李太监却说自己是要被人杀人灭口，还说自己知道，上皇到底是被谁毒死的。
这话一出，所有人都被吓住了，随后就是一番严刑逼供，那太监可能是被那毒吓到了，老老实实什么都招了，说是他进宫后被分到御膳房，这几年也算老实做事，因此在御膳房里还算能说的上话。就在上皇驾崩前四个月，突然有人来找上他，说是他家里人都在对方手上，要想嫁人平安无事，他最好乖乖听话。这李太监当年生是因为家里实在太穷没办法，才被送进宫来的，家里还有一对老父母，一个姐姐两个弟弟，彼此感情却还不错。小太监听了这番威胁，自然不敢乱说话，怕害了家里人。
可他也知道分寸，知道什么该做什么不该做，对方让李太监偷偷在上皇的膳食里放点东西，还不用每道菜里都放，只随便挑一样菜放就是了。李太监开始是死都不肯做，这入口的东西，还是给上皇的饭菜，怎么能随意往里面加东西？查出来，他全家全族都得死。那人就说让他加的绝不是□□，再者上皇的饭菜都有人试吃的，真下了毒，还能不被查出来？李太监将信将疑地把对方交给他的药偷偷先喂了老鼠，结果老鼠活蹦乱跳的，李太监这才放了心，想到家人，就乖乖的照办了。谁知不久，上皇就开始病了，没几个月，就驾崩了。李太监开始还没反应过来这跟自己有什么关系，可不久，他就发现有人偷偷在盯着他，暗地里下手。李太监慌了神，靠着这些年在宫里练出来的机灵倒是躲过了好几次，可是在宫外的家里人，却是再没消息了。
李太监求着赵逸，让他到宫外帮他找找家里人，说对方既然不肯放过他，那他家人，定也会有危险的。赵逸想了想，答应了。派人出去一查，那小太监的家人五天前遭了火灾，一家老小，没一个活下来。李太监当场就晕了过去，醒过来，直叫骂着孙太妃心肠太狠毒。赵逸被吓了一跳，忙忙追问，李太监咬牙切齿地说，他在宫里少少也有些人脉，不然也躲不过对方的暗手，当初他担心家人，偷偷找了宫里交好的帮着查看，这才发现，跟他接头的那些人，竟然跟孙太妃跟前的掌衣宫女有联系。“奴才不过一条贱命，所求不过家人平安无事，当时也是被孙太妃所蒙蔽，以为所做对上皇无害，谁知太妃竟有这般手段，看着没有任何问题的东西，却轻易地害了上皇。小的自知死罪，无颜再活在人世间，只求皇上为我一家做主，还奴才一个公道。”交给找一小包的粉末，说就是孙太妃的人让他放在上皇饭菜里的，一转头，撞墙死了。
一个刘太医撞柱自杀，一个太监全家没有活口，却都各执一词，皇帝干脆让三司联合审理此案，一边叫了太医院院正检查那粉末，院正看过后，说这要怕是南疆那边传过来的，单独用没事，可要跟另一种药物混合，就是一种□□。这边三司提了孙太妃身边的掌衣宫女问话，那宫女先还不肯说，等到动了大刑，小命都去了半条，终究是抵抗不住，全招了。说是孙太妃不服气今上登基为帝，想要把他拉下来，让亲生儿子恭王上位，这才决心暗害上皇，把一切责任都推给皇帝。
掌衣宫女是孙太妃的亲信，她的话，却是极有说服力的。一时间消息透露出来，孙太妃立刻被拘禁在了自己宫里，朝中大臣看着恭王的眼神里也满是鄙夷。
恭王指责这些人都是皇帝招来污蔑他的，上皇对他和孙太妃向来高看一眼，他活着对他们母子只有好处，没有坏处，孙太妃何必毒害他？
可皇帝却说，当日上皇宠幸孙太妃，日常坐卧是片刻也离不开她，所用吃食也有专人负责试吃，这般严苛小心，除了孙太妃，还有谁能不动声色的给上皇下□□？再说这上皇偏疼孙太妃母子是实情，但上皇却是从没想过废帝再立的，有上皇在，恭王要上位就绝不可能，孙太妃不甘心之下，铤而走险，也未必不可能。
本来这两方的话都有道理，谁也说不了谁，可现在出现了孙太妃的掌衣宫女，情况就不一样了，这要不是孙太妃的心腹，也做不到掌衣的位置，便是见过孙太妃的外命妇，回想起来，也说这个掌衣在孙太妃面前极有脸面，很得孙太妃看重，如今她都出来指证孙太妃，想必上皇被孙太妃下毒谋害的事是铁板钉钉了。现在甚至都有人开始议论，该怎么处置孙太妃了。局势瞬间扭转，直把原先还得意洋洋的恭王弄得是焦头烂额。
“因为上皇是寿终而逝，倒叫臣等一时糊涂了，只拘泥着辩驳上皇的死因为何，却没想到可以用另一种方法来击败恭王。”新上任的礼部李尚书在上书房面见皇帝的时候有些惭愧道，“若是上皇真是被毒害，孙太妃一直在上皇身边服侍，自然嫌疑更大些。恭王想利用皇上不能打搅上皇身后安宁，所以找了这般的罪名来污蔑皇上，岂不知这是搬起石头砸自己的脚，如今人证物证俱在，孙太妃是脱不开嫌疑了。”
“只是可惜了，孙太妃一直不肯服软，更遑论牵扯出恭王来。”林如海跟着说道，这次他能跟着皇帝亲信一起私下面见皇帝，还是他这段时间一直坚定不移站在皇帝这边换来的结果，有了这次的功劳，他以后，只要安安分分，必是没什么好担心了的。而林如海也很拎得清，既然投靠了皇帝，就一心为皇帝着想，对恭王这个一心谋反作乱的臣子是半点好感也无，只恨不得能马上解决了他才好，因此明知道这事可能性不大，但还是对孙太妃不肯干脆认输，连带扯出恭王之事大为遗憾，“恭王爷受上皇恩宠，却是享有不少特权，如今手下势力也不弱。孙太妃被软禁，所出计谋又被皇上所破，只怕后面……”还有的乱啊。林如海叹一声，皇室权力更迭，只是苦了百姓，只怕是要遭兵祸之苦了。
皇帝听着心腹臣子的话，只冷笑道：“恭王向来被上皇宠爱，如何见得朕以后一直压着他？他的小动作，在朕登基之后就没断过，只是上皇一再不准朕计较，朕看在兄弟情分上也就罢了，偏他还不死心，处处跟朕作对，如今还敢以这般大不孝的罪名污蔑于朕，却是当朕软弱可欺！是可忍孰不可忍，朕这次，就是要让他好好看看清楚，到底谁，才是这天下之主！”一边看着李尚书林如海，“冯唐那边来了折子，说是已经全部准备好了，恭王手下，似乎也准备就这两天动手，爱卿记住，到时候，按计划行事，决不可有半点疏漏！”
李尚书林如海端正了面容，恭敬地拜倒：“是，陛下！”
庆元三年七月四日，恭王在朝堂之上痛斥庆元帝无手足仁爱之心，陷害孙太妃毒杀上皇，上大怒，斥之，朝臣跪求，乃免杖责，夺亲王爵，贬为郡王。
七月六日，刑部大理寺宗人府共审上皇被害一案，人证物证俱在，孙太妃难逃嫌疑，夺一切封号，收回太妃金印金册，于宗人府囚禁。
七月八日，晚，恭王率部众起兵作乱，闯入宗人府，劫重犯孙氏，同时禁卫军胡彬率部叛乱，由东华门闯入皇城，有侍卫统领赵逸带下属拦截，在元直殿外展开交战，两方僵持，胡彬暂退。不久，同恭王部一众汇聚，占领九门提督府，包围禁宫。
七月九日，永禄营发生兵变，将军周林率部公然声称拥护恭王为帝，率军奔袭京城，于京郊遇永建营，双方激烈交战，僵持。
七月十日，禁军展开抵抗，与恭王部冲突，在外城交战，恭王部不敌，退入内城。
七月十一日，永建营永禄营再度交战，冯唐老将军率部大败周林，周林率部溃逃。
七月十三日，将军贾赦活捉叛将周林，降永禄营。
七月十五日，恭王率兵攻入刑部，打开监狱，释放死囚，上京陷入混乱，大批无辜百姓被凶徒所害，恭王趁乱反攻，禁卫军死伤近两百，恭王部死守内城。。
七月十六日，京城治安混乱，永建营禁卫军肃清外城，捉拿逃犯，恭王趁乱出逃，其部死伤无数。
七月二十日，小将苏青于直隶生擒恭王，捣毁其部，押解其回京。
七月二十一日，庆元帝夺恭王一切封爵，贬为庶民，拘于宗人府内，终身不得开释。犯妇孙氏，赐鸩酒。所有叛乱从逆者，一律打入天牢，交由刑部，以叛逆作乱、谋反罪论处。
这场叛乱，从开始到结束只有短短十三天，但却因为恭王释放死囚，导致了此次无辜百姓受难更甚于兵祸。庆元帝由此更改国号为定元。此次叛乱，史称‘庚寅之乱’。