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四月二十八日当日，李世民命令人到东宫抓捕了纥干承基，安排长孙无忌、房玄龄、袁天纲亲自审理此案，当他们审讯纥干承基后，纥干承基为了活命，亲口供出太子李承乾也在准备造反！
原来情况是这样：李承乾作为李世民的嫡长子，是当今太子，他理所应当做皇位继承人。可是李世民最偏爱的儿子是魏王李泰，李泰的各方面待遇都要好于太子李承乾。同时，因李承乾种种不法行为，李世民频频打压李承乾，这让李承乾内心不自安，日夜担忧自己会被废，李泰将会继承皇位，于是就计划谋反。
谋反一事，李承乾是通过纥干承基与阴弘智，与齐王李佑相互内外串联、勾结。当时朝中大臣分成了太子党和魏王党，两党摩擦不断。太子谋反一事中，太子党中有陈国公侯君集、汉王李元昌、杜荷（杜如晦儿子、城阳公主的驸马都尉）、左屯卫中郎将李安俨、贺兰楚石（侯君集女婿）等多位重臣参与。
起初李世民并没有易储的想法，然而李承乾却因为忌惮同样深得父亲宠爱，且怀有谋嫡之心的魏王李泰。于是，李承乾和侯君集、李元昌、李安俨、杜荷、李安俨、贺兰楚石等人私下密谋，企图复制一场“玄武门之变”。
侯君集为李承乾谋划了一个逼宫政变计划：李承乾装作缓和与魏王李泰的关系，把李世民与李泰骗到东宫参加宴会，一旦李世民与李泰来到东宫，李承乾安排纥干承基带领一百个死士突然闯进来，将李世民劫持，同时将李泰当场擒杀，然后尊李世民为太上皇，李承乾即皇帝位。
三月五日，李承乾已下定决心，按照此计划执行。首先，李承乾向李世民谢罪，承认自己以往所做的错事，希望李世民能原谅他，并于七日后，邀请李世民与李泰一同到东宫参加宴会。李世民看到李承乾已表示悔改，当场表示同意。
于是，太子党们就摩拳擦掌地准备起来，就等着三月十二日在东宫发起政变。可惜，在这个节骨眼上，千里之外的李佑却提前造反了，一下子打乱了李承乾的政变计划。
三月九日夜，袁天纲在跟随李积大军去平叛的路上，他发现一个异象：有彗星自西直犯紫薇帝星，乃不祥之兆，主有敌人自西方来冒犯圣上。于是，他赶紧写了一份急奏，派人三百里加急送往长安。
这夜，李淳风也发现了这个异象。次日清晨，李淳风就立即进宫向李世民禀报此事，劝谏李世民取消东宫宴会。
三月十二日早晨，李世民还在为是否今日参加东宫午宴一事犹豫不决，这时，袁天纲的三百里急报送到了，李世民看罢急报，就立即就派人告知李承乾：齐王李佑造反了，他现在停止一切宴乐。
四月二十八日，李承乾的部下纥干承基因齐王李佑的谋反案而被捕，为了保全自己，纥干承基不得不将李承乾的政变计划全部坦白。
太子党政变事情败露后，李世民心痛无奈之下，只得将李承乾幽禁在东宫，诏命司徒长孙无忌、司空、侍中房玄龄、特进萧瑀、兵部尚书李积、大理卿孙伏伽、中书令岑文本、新任中书侍郎马周、谏议大夫褚遂良、兵部郎中袁天纲等共同审讯李承乾及侯君集、杜荷等人，得出他们谋反的铁证，大为震惊，立刻进宫向李世民禀报。
李世民在收到长孙无忌等人呈上的太子李承乾谋反的供词后，顿时觉得天昏地转，人立刻石化了，他惊呆半响，才喃喃地自语道：
“报应啊！玄武门之变后，高祖曾诅咒朕：‘今日你杀了我的子孙，总有一天你的子孙也会遭受同样的命运。’”
他对太子李承乾的所作所为是彻底的失望，他为了将李承乾栽培成为合格的未来皇位接班人，呕心沥血、舐犊情深！然而爱之深则责之切、恨之极！李承乾犯下逼宫谋反这如此逆天大案，但李世民一想到病逝七年的文德皇后，始终下不了决心杀掉他，可是国法如山，不杀不足以平民愤！
最后，在朝堂上，李世民无奈地将这个棘手的问题抛给了群臣：
“诸位爱卿，你们说说该怎么处置李承乾？”
结果，朝堂上群臣都鸦雀无声。因为太子谋反按律当诛，谁也不敢落下为太子开脱的罪名。
朝堂上毫无声响了半晌，李世民还是用可怜的慈父目光搜寻着群臣，希望有人替他解围。当李世民的目光扫射到袁天纲的身上时，袁天纲无奈出列奏道：
“圣上，臣建议：将太子废为庶人，把他流放就行了，这样陛下上不失作慈父，下可得尽天年，就算是仁至义尽吧。”
李世民听罢，连连点头称善。于是诏命将李承乾废为庶人，流放黔州（今重庆彭水），并向天下颁布《废皇太子承乾为庶人诏》：
“……是知储副之寄，社稷系以安危；废立之规，鼎命由其轻重。详观历代，安可非其人哉！
皇太子承乾，地惟长嫡，位居明两，训以《诗》、《书》，教以《礼》、《乐》。庶宏日新之德，以永无疆之祚。而邪僻是蹈，仁义蔑闻，疏远正人，亲昵群小，善无微而不背，恶无大而不及，酒色极于沈荒，土木备于奢侈。倡优之技，昼夜不息；狗马之娱，盘游无度。金帛散于奸慝，捶楚遍于仆妾，前后愆过，日月滋甚。朕永鉴前载，无忘正嫡，恕其瑕衅，倍加训诱。选名德以为师保，择端士以任宫僚。……恩宠虽厚，猜惧愈深，引奸回以为腹心，聚台隶而同游宴。郑声淫乐，好之不离左右；兵凶战危，习之以为戏乐。既怀残忍，遂行杀害。……承乾宜废为庶人，流放于黔州。”
同时，将汉王李元昌赐令自尽，侯君集、杜荷等都伏诛。
李世民觉得侯君集为国家立有大功，不想治其死罪，但群臣进谏说侯君集的罪国法难容。李世民非常难过，只能忍痛将侯君集处以死刑。临死前，李世民亲自去大理寺狱看望侯君集。侯君集一看到李世民，就拜伏于地，请求赦免自己的妻儿，好为自己守丧。李世民流着泪同意，赦免了其妻儿，将他们流放到岭南。