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当小日本飞机在第5特混舰队空如同残花败叶一样纷纷坠落的同时，第1机动舰队自身也遭到了意料之外的重大损失。前文之中已经提到过，小泽治三郎的旗舰“大凤”号在起飞第二波攻击机群的时候，曾经被1条美军潜艇发射的鱼雷命中，这条鱼雷正是来自于美军“大青花鱼”号潜艇。
“大凤”号当初是作为日本二战主力翔鹤级航母的后续舰型而设计制造的，于1941年7月10日动工建造，它最终成为了日本海军在太平洋战争期间建造的最后一艘正规大型航母之后的“信浓”号是由大和级战列舰的3号舰改装而成，并不是正规航母。由于在中途岛海战之中小日本的4艘航母都是因为遭到美军轰炸机的俯冲攻击而最终沉没，所以日军方面决定加强“大凤”号的飞行甲板防护，使得它后来成为了日本海军之中第1艘在飞行甲板面安装防护装甲的航母。“大凤”号除了拥有100毫米厚的装甲飞行甲板之外，还采用了封闭式机库，而且飞行甲板与机库顶板之间有0．7米的空间，可以防止炸弹穿透飞行甲板危及层机库，另外“大凤”号还拥有先进的区域火灾控制和自动喷水灭火系统，完全可以承受住500公斤炸弹的直接攻击。
在“大凤”号于今年3月7日投入服役的时候，无论是海军造船厂的工人，还是小日本海军省的官员将领，都对它寄予厚望，当时甚至还有人在“大凤”号机库后壁面手“天下第一舰”五个大字。老实说，“大凤”号这艘精锐航母一改小日本航母的传统设计风格，采用了多种创新设计，集技术精华于一身，尤其重点强化了装甲防御能力，的确有值得骄傲的本钱，所以小日本海军也因此狂妄地将其吹嘘为“不沉之航母”。但结果就是“大凤”号这么一艘强调生存性和高防护的大型重装甲航母，没想到它在第一次出战的时候就因为一次本来并不致命的鱼雷攻击而导致油气泄漏，最终引发大爆炸而葬身大海，实在堪称悲剧。
就像我们老话所说的那样，顾头不顾腚，小日本万万没有想到这次“大凤”号居然鬼使神差地偏偏遭到了美军“大青花鱼”号潜艇来自水下的鱼雷攻击。我们大家都知道所有舰艇的水下部位都比较薄弱，“大青花鱼”号发射的鱼雷在“大凤”号水线以下爆炸之后，猛烈的震动造成前部升降机发生故障，导致舰载机没办法起飞，于是“大凤”号的舰员们急忙用各种材料填补升降机口，试图恢复起降能力。然而由于“大凤”号的输油管道也被鱼雷爆炸所震裂，而且航母所使用的产自婆罗洲的原油挥发性很强，结果导致原油蒸汽开始逐渐从输油管道的裂口里面大量挥发出来，并且在通风性极差的封闭机库里面逐渐集聚。当“大凤”号的损害管理单位发现这个情况之后做出了一个相当错误的决定，他们采取了强制通风措施，结果导致不断有人因为吸入有毒蒸汽而当场晕倒。其实当时最有效的办法就是拆除前部升降机口的堵塞物，使前后升降机口之间实现自然通风，但是为了不妨碍舰载机的起飞出击，“大凤”号并没有采取这个措施。结果到了后来挥发的油气在“大凤”号舰体里面不断堆积，这些气体由少而多，大量聚集，“大凤”号也因此变成了一颗在海面漂浮着的定时炸弹。
不过“大凤”号还并不是第1机动舰队里面首先沉没的航母，午9点4分，在“大凤”号被美军鱼雷命中一个半小时之后，从菲律宾海域一路跟踪机动舰队的美军“刺鳍”号潜艇突破了日军护航舰只的警戒，向“翔鹤”号发动了攻击。由于负责保护“翔鹤”号的日军驱逐舰声纳装备比较落后，在拥有众多日舰活动的这片海域根本没办法及时发现美军潜艇的逼近，这就使得“刺鳍”号从容地在“翔鹤”号右舷前方1100米处占据了有利发射阵位，对着小日本航母齐射了6条鱼雷。
“翔鹤”号最终被4条鱼雷直接命中，其中第1条鱼雷命中了航母的航空汽油罐，第2条鱼雷在航母的3号和5号锅炉舱之间爆炸，第3条鱼雷命中了航母前方舰体内部的弹药库，第4条鱼雷则命中了距离航母舰艏不到20米的地方。曾经在“翔鹤”号面服役的日军老兵杉山正彦海军士在战后向人们回忆了当时的场景：“船体剧烈地摇晃了一下，我感觉自己的身体从飞行甲板面给抛起了30厘米高。我是在‘翔鹤’号离开横须贺基地那天作为飞行专业士官被派遣舰的，我需要对飞行甲板面所有的工作全面负责。鱼雷爆炸的时候，四根3厘米直径的升降机缆绳全部都断了，升降机随即掉了下来，机体的粉碎声震耳欲聋。不久之后，在落下的升降机和防水壁之间的狭窄空间里面，火苗冒了出来，虽然消防队员拼命扑救，但是火势还是越烧越大。最后，马达间开始进水，马达也随之停了下来，想要进行还击已经不可能了。”
如同杉山正彦所言，“翔鹤”号这艘身经百战的小日本功勋航母顷刻之间就变成了一座人间地狱，熊熊烈火不断地从被炸开的航空汽油罐里面喷射出来，火焰一路往窜到了位于舰桥面的飞行员待命室，烧伤了不少呆在里面的小日本飞行员。大火穿过机库甲板，引爆了停在那里的几架舰载机，并且顺便把“翔鹤”号的中部升降机也给彻底炸毁了，升降机从滑轨面脱落下来，把几个倒霉的小日本操作手当场砸死。由于“翔鹤”号正在进行舰载机加油作业，所以燃油管道里面充满了航空燃油，火焰立刻沿着这些管道大肆扩散，最后集中到飞行甲板面，把那里变成了一座巨大的钢铁熔炉，舱壁面那些金属输油管道在内外高温的炙烤之下不断发生爆裂，把阵阵火雨洒向了舱室的各个角落。大火最终引爆了弹药传送带面堆放着的各种弹药，一阵轰天巨响之后，小日本舰员尸体的碎块在飞行甲板面随处可见。
到了下午1点3分，“翔鹤”号的形势已经极度恶化了，旁边其他日舰面的小日本士兵看到火焰从“翔鹤”号飞行甲板和升降机的破口里面喷了出来，航母舰艏也已经几乎和海面齐平了。“翔鹤”号舰长内藤广义海军大佐直到现在才终于勉强下达了弃舰命令，侥幸幸存的河源伊明海军大尉在事后回忆了当时的场景：“海水开始涌飞行甲板，已经没到了我们的脚踝，我听到舰长内藤广义大佐在舰桥面发出命令：‘601中队弃舰！’，我随后大声喊道：‘601中队站成两排集合报数！’，所有正在参与救火的人立刻站成两排向我报数，报数最后只报到0就戛然而止，我向舰长报告：‘601中队0人准备弃舰！’，舰长立刻命令：‘准备离舰，左偏左方向，目标前方驱逐舰‘时津风’号，大家一定要坚持到底！’，于是我们开始排成两列，依次跳进海里面。就在这个时候，有4个人围在我的周围说他们不会游泳，他们都是比我年轻的应征入伍不久的新兵。我也没有什么好办法，只能安慰他们说道：‘你们用不着游泳，浮在水面就行了，救生材料会自己漂过来的，一定要坚持到救援船到来。’但是我却不敢问他们能不能在水里面浮着。”
2点10分，1枚不知道是在翻滚之中触发了引信还是被烈火烧穿了弹壳的炸弹在“翔鹤”号机库前部爆炸了，舰体内部积聚的可燃气体瞬间就被引爆了。“翔鹤”号旁边日舰面的人们看到火苗从航母的每一个焊接缝隙处溜了出来，然后逐渐连成一片。最终，“翔鹤”号这艘25000吨的钢铁巨舰在冲天烈焰之中被炸成了一堆扭曲的金属部件，在耀眼的火球之中结束了自己罪恶而可耻的一生，舰1271名小日本官兵与舰同亡，仅有不到400人幸存下来“翔鹤”号的技术参数如下：标准排水量25600吨，满载排水量33200吨，舰长舰宽吃水.7米，最大航速续航力9700海里∕19节，舰员编制1690人，装备127毫米双联装高射炮16门、25毫米三联装机关炮45门，舰载机4架。
不过成功击沉“翔鹤”号的美军“刺鳍”号潜艇也遭到了日军驱逐舰长达3个小时的连续追踪，潜艇总共承受了105枚深水炸弹的攻击，不过“刺鳍”号最终还是顽强地凭借其灵活的机动性能摆脱了日舰的攻击，带伤返回了塞班岛基地。
就在“翔鹤”号沉没之后不久，下午2点32分，在被美军鱼雷命中5个小时之后，“大凤”号机库里面积聚的原油蒸汽被舰载机降落时候产生的火花给点燃，从而引发了大爆炸。浓烟烈火从机库里面不断喷出，火势随之开始迅速蔓延，大火甚至把“大凤”号飞行甲板的装甲都烧得严重扭曲变形。不断蔓延的大火最终引爆了弹药舱，使得“大凤”号内部开始出现接二连三的大爆炸，航母火焰冲天，声闻数十里，舰体也开始迅速倾斜。
眼看着日军的攻击机群还没有好消息传回来，而身边的3艘大日本帝国海军硕果仅存的大型舰队航母又在转眼之间失去了2艘，绝望不堪的小泽治三郎想要和“大凤”号同归于尽。但是在参谋长小林秀俊海军少将的极力劝谏之下，小泽治三郎最终还是下令放弃“大凤”号，自己则亲手带着裕仁天皇的画像转移到了“羽黑”号重巡洋舰面，同时命令在“大凤”号旁边护航的“若月”号驱逐舰靠近救援航母舰员。
在小泽治三郎率领第1机动舰队司令部的人员撤离之后，熊熊燃烧的大火很快就引爆了“大凤”号面的弹药库，一阵惊天动地的大爆炸之后，航母立刻开始了毫无希望的倾斜，舰尾也开始迅速下沉。4点2分，带着出师未捷身先死的遗憾，“大凤”号这艘才刚刚投入服役3个月的新型装甲航母，连同舰的1650名日军官兵一起葬身在马里亚纳群岛以西洋面的万丈深渊之中，小日本海军在太平洋战争之中建造的这艘最现代化的航母，就这样永远沉没了“大凤”号的技术参数如下：标准排水量29300吨，满载排水量37300吨，舰长舰宽吃水9.67米，最大航速续航力10000海里∕1节，舰员编制1750人，装备100毫米双联装高射炮12门、25毫米三联装机关炮66门，舰载机62架。
对于小泽治三郎来说，6月19日这一天真可谓是他有生以来最悲哀凄凉的日子，尽管机动舰队成功地避开了美军飞机的攻击，但是美日双方谁也没有想到2艘小小的美军潜艇却居然取得了如此令人惊异的巨大战果。在一天时间里面，小泽治三郎接连损失了2艘大型航母和315架舰载机其中有77架飞机是随舰被毁，而第5特混舰队除了几艘军舰受了轻伤之外，就只损失了29架舰载机。双方战绩如此悬殊，但是身为日军战场指挥官的小泽治三郎对此竟浑然不知，因为返航之后的小日本飞行员都大肆夸大战果，谎称已经击沉数艘美军航母云云。小泽治三郎根据飞行员的谎报而显得有些盲目乐观，他以为即使那些没有返航的日军舰载机也一定是飞往关岛和罗塔岛机场补充燃料弹药去了，在收回第四波攻击机群之后，小泽治三郎命令机动舰队暂时取道西北航向，准备暂避一时，在20日完成加油作业之后，再倾尽全力和特混舰队决一雌雄。