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小智获得了他在芳缘地区的第五枚徽章，一行人决定从未白镇的港口坐船到茵郁市，刚好可以顺路去拜访小田卷博士。
小智与小田卷博士交流了几个小时后，小智他们在傍晚时分在未白镇的港口坐上了到茵郁市的船。
经过一天的坐船旅行后，又走了半天，但又又又迷路了。
小遥道：“我们又迷路了？”
小胜道：“宝可梦领航员完全收不到信号！我们没有办法找路啊！”
小刚拿着地图和指南针：“真奇怪，指南针也失灵！而且地图上并没有像这样的一片森林！”
小遥感觉背后发凉：“总感觉心里毛毛的。”
小智道：“没有更好的办法就只能继续往前走了，只要走出森林想来也就能找到路了。”
“跑！”小智忽然出声道。
众人跑了起来，草丛中一只看上去很生气的盔甲鸟追着众人。突然小遥背包中向尾喵自己跑了出来，小遥下意识就将向尾喵护在了身下，那只盔甲鸟居然抓着小遥的背包就将她带走了。
“小遥！”
“姐姐！”
小智道：“大王燕，追上去！”
小遥抱着向尾喵不知道要被盔甲鸟带到哪里去。
大王燕紧紧跟着盔甲鸟，但小智三人追到用木头做成的围墙前就被拦了下来。
“慢着！你们不能再前进了！”
小胜焦急道：“可是，我姐姐被盔甲鸟带进了里面啊！”
小智道：“小胜别着急，事情是这样的我们同伴......”
拦住小智三人的人听了事情的经过后，也面露难色，其中一个道：“不能进入这里是我们这里的规矩，但现在......你们跟我来，去找青叶长老商量下！”
小智道：“可以，带我们过去吧！”
被盔甲鸟带走的小遥和向尾喵被扔到了山顶的样子。盔甲鸟把小遥和向尾喵扔在了这里之后，就径直飞走了。
小遥看着离开的盔甲鸟，松了口气道：“得救了！但这里是哪里啊？”
小遥旁边就是悬崖，吓得她往后退了好几步。
“喵！”向尾喵看着自己的训练家。
小遥摸了摸向尾喵的头道：“真是的向尾喵，你为什么要随便跑出来嘛！现在怎么办呢？大王燕也不在附近哎！向尾喵你先回来吧！青绵鸟出来吧！”
“青绵鸟你去找找大王燕，告诉小智他们我在这里。”
“啾啾。”青绵鸟飞去找大王燕了。
小遥尝试找下去的路，却看到了一只妙蛙种子站在悬崖边用藤鞭好像在干什么，原来妙蛙种子想要摘到下面石头缝中开出的漂亮花朵。
妙蛙种子刚摘到就因为脚下没有站稳，本以为要摔下去了，却被小遥及时抱住。小遥将其拉了上来，将妙蛙种子放在地上道：“刚刚好危险啊！”
妙蛙种子警惕的往后退了几步。这只妙蛙种子头上的花纹是爱心形状的，很是可爱。
小遥连忙摆手道：“我不会对你做什么的，我叫小遥。”
“达纳。”妙蛙种子是第一次看到人类，用藤鞭试探着靠近小遥。
小遥微笑着伸手握住了妙蛙种子的藤鞭，道：“我们做好朋友吧！”
“达纳！”妙蛙种子也对小遥亲近了不少。
突然好几只口呆花、臭臭花还有向日花怪挡在了妙蛙种子的身前，不由分说就朝小遥使用了麻痹粉，小遥急忙逃窜！
“等等，你们要干什么？”
这群草系宝可梦的攻击依旧在继续，小遥本不想战斗的，现在也只能战斗了：“火雉鸡用火花！狩猎凤蝶用烈暴风！”
数量太多了，就算火雉鸡有属性优势依旧占不了上风，这时小遥的火雉鸡进化成了力壮鸡，就算进化了，现在也只能跑了！
小遥道：“力壮鸡，狩猎凤蝶，我们先跑吧！”
小智他们这边一时间之间，还得不到村子里的人允许进入，青绵鸟和大王燕回来找了小智他们。
小刚道：“小智，这样不知道要到什么时候，你跟大王燕和青绵鸟先去救小遥，我和小胜在村子里等着。”
小胜道：“小智，姐姐就拜托你了！”
小智道：“我明白了，我现在就去。”
小智带着大王燕和青绵鸟翻过了那木头制作的围墙，先去寻找小遥了。
被草系宝可梦追杀的小遥、力壮鸡和狩猎凤蝶，正躲在一个草丛中。
小遥道：“为什么这里的宝可梦对我会有这么大的恶意呢？糟糕了，又是麻痹粉！”小遥带着宝可梦们再次逃跑，但却被一只霸王花堵住了路。
“大王燕，空气斩。小遥跟我来这边！”
小智让大王燕的空气斩开路带着小遥朝入口跑了起来。小智边跑边解释道：“小遥这里是禁忌森林，只要是人类进入都会被这里的草系宝可梦攻击的。”
小遥道：“可是我也并没有做什么事啊！”
小智他们往那边跑草系宝可梦们就堵在哪里，小智停在了一个悬崖边：“没路了！”小智已经随时准备用宝可梦逃走了。
小遥对身后的草系宝可梦们道：“你们听我说，我们不是故意要进来禁忌森林的......”
“达纳！”妙蛙种子带着妙蛙花来救小遥了。
跟着妙蛙种子来的这只妙蛙花与小智的那只体型差不多，应该是禁忌森林的老大了。
妙蛙花伸出藤鞭指了指力壮鸡并摇了摇头。
小智道：“小遥，草系宝可梦很怕火系的宝可梦，你先将宝可梦们收起来吧！”
小遥道：“我知道了，大家都先回来吧。”
小智也将大王燕收了起来。
妙蛙花跟身后的宝可梦解释了一下后，就带着小智与小遥来到了一处很漂亮的瀑布。
“达纳！”那只妙蛙种子将刚才摘的花送给了小遥。
小遥笑着接过：“谢谢你。”
妙蛙种子用藤鞭拉住了小遥的手，带她来看这片森林的全貌。“达纳达纳。”妙蛙种子用藤鞭指着城市的方向。
小智道：“妙蛙种子应该是从未离开过这片森林吧！”
小遥抱起妙蛙种子说道：“妙蛙种子我跟你说，城市中有很多的人类也有很多的宝可梦，还有饰品店还有卖好多好吃的店哦！”
“我们也旅行过很多那样的城镇哦！”
妙蛙种子的眼里充满了向往。
突然“轰”的一声，发生了爆炸！
小智和小遥以及妙蛙种子赶了过去，又是火箭队三人组。
小次郎道：“小鬼头，你们来了！这里的草系宝可梦就是我们的了！”
武藏道：“小丫头怀中还有一只。”
喵喵道：“知道了喵！”
机器人朝小遥怀中的妙蛙种子伸出了一只机械手臂。
“火箭队，你们真是阴魂不散啊！妙蛙花就决定是你了！”
小智的妙蛙花把火箭队的机械手臂打了回去。
武藏看到小智的妙蛙花，随机又看向小次郎和喵喵，道：“要不还是先撤吧！”
小次郎僵硬道：“好......好主意！”
喵喵道：“我也同意喵！”
那只妙蛙花走了出来，拦住了火箭队要逃走的路。
小智道：“妙蛙花，日光术！”
那只妙蛙花也使用了日光术，双重的日光术将火箭队打飞了出去。
“好讨厌的感觉！”
“索南斯！”
小遥道：“妙蛙种子用飞叶快刀救出被抓的宝可梦。”
小遥和妙蛙种子救出了被火箭队抓在机器人中的草系宝可梦们。
青叶长老与小刚和小胜，听到这边的声音找了过来。众人终于回到了禁忌森林的入口处，小遥将抱了一路的妙蛙种子放在了妙蛙花身边道：“再见了，妙蛙种子！”
妙蛙种子满眼的不舍。
大门将要关闭的时候，妙蛙种子扑向了小遥的怀中，妙蛙花和众草系宝可梦开心的跟妙蛙种子告别。
小遥问道：“妙蛙种子，你要跟我一起走吗？”
“达纳达纳！”妙蛙种子点了点头。
小遥和妙蛙种子同时朝妙蛙花它们挥手道：“妙蛙花，我会好好照顾妙蛙种子的！”
小遥收服了这只可爱的妙蛙种子，有了新伙伴的加入，前往茵郁市的旅程还在继续。