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扫除城南碍手碍脚的练勇之后，林凤祥率西殿太平军精锐万人与李开芳会合，太平军集中两部炮队，依托城南坚固民居修筑的营垒，以火炮猛攻南京城。这些火炮中，尤其以新运到吴三桂三千斤大炮威力最大，城内多处建筑被轰平，连陆建瀛坐镇的聚宝门城楼也被打得千疮百孔。
陆建瀛虽然视财如命，但见太平军如此猛烈的攻势，这时也慌神了，几欲弃城而逃。练勇头目张炳垣逃回城内后，此人卑颜奴媚，全然没有读书人的气节，在自己手下被陆总督炮轰驱散之后，依然死心塌地的效忠朝廷。见太平军砲子猛烈，当即献计以牛皮泡水后包裹藤盾，再蒙以渔网竖立城头抵挡砲子。
陆总督已经无计可施，见有人献计自然是言听计从，他也怕太平军的砲子不长眼睛打到自己，当即命人按张炳垣所说的操办，一试之下太平军的实心弹多数被拦住，倒也十分灵验。
见张炳垣的计策管用，陆建瀛又起了侥幸心理，以为有张炳垣这位活诸葛坐镇，南京城固若金汤，于是放弃逃跑念头，开始再次算计库房那快要见底的银子。
第三日上，萧云贵统领的西殿太平军大队到来，萧云贵和左宗棠商议之后，马上分兵夺占城外重要据点，以雨花台为核心，修筑大量营垒，又将陆建瀛抛弃在城外的炮台有效利用起来，昼夜轰击南京城。而对于张炳垣搞的小伎俩，萧云贵不屑于顾，命人换上匠人营按照吴三桂所遗开花弹新研制出来的开花弹猛轰，将城头那些渔网、牛皮炸得七零八落。但这种开花弹还是存在缺陷，所留引线很不稳定，要么就是落地不炸，要么就是在半空就炸，但还是有半数的炮弹能在落地后炸响。
萧云贵心疼那些炮弹，要知道制造一枚炮弹花费是不小的，所谓大炮一响，黄金万两，打炮就是打银子，如此的成功率让萧云贵肉痛不已。这时候他有些后悔，当年自己怎么不是学理科的？转头想问问四眼妹，但洪韵儿也没有好的办法，要她说历史、人物、名胜古迹，她可以如数家珍，但要问她机械火炮，她也是两眼一抹黑。最后萧云贵逼问得急了，洪韵儿娇怒道：“我不是百科全书，逼死我也没用，姐姐我不知道就是不知道！你最好派人尽快找到丁拱辰，或是别的火器专家，实在不行你可以派人到上海去请些洋人技师来啊！”
萧云贵这才死心，看来这四眼妹是真不知道，也难怪她和自己一样，都是学文科的，又怎会去看关于理科的书呢？虽然一些简单的原理大家都知道，但是机械、化学这些学问，失之毫厘可是谬以千里的，就像**，比例当中的细微差别，就能让成品火药的威力出现天渊之别，当中细节不明白的话，也等于不明白。萧云贵只能命白泽堂加紧搜罗火器专家，同时让宝庆商会和贵云商号也加入找人的行列，接着让两家商号还是向上海伸出行商的触角，准备开始和洋人接触。
到了夜晚，萧云贵到没像历史上洪杨的做法，放火焚烧城外寺庙、古迹，他号令全军，能保留的尽量保留。而且沿途过来，太平军并没有像历史上那样残酷的迫害僧侣、道士，要是换了洪杨打南京，沿途所过州县的寺庙、道观尽数被毁，僧侣道士被杀、被驱赶的无数。萧云贵并没有这样做，倒是让太平军的名声没有受损。
不过手下一些传教典官倒是提出了疑问，萧云贵晓谕全军说，那些不信我教的异教徒将来死后会下地狱受苦，天父皇上帝在每个人大限一到之时便会清算，无需太平军动刀。洪韵儿则说，天父皇上帝派大家在凡间就是要拯救这些迷途的羔羊，一刀杀了并不能解决问题，还是要让这么迷途的人感受上帝福音才能恩沐四方。众典官如何能辩得过洪韵儿？在洪韵儿嘴炮的洗脑下，深以为然，众典官更加积极的讲道理布道，西殿太平军改变了以往血腥压迫式传教方式，大大降低了百姓们的反感。
不过夜间萧云贵还是命令太平军发炮不断，同时号令各军使用心理战术恐吓陆建瀛，将士兵分为无数两司马为单位的小队，实施战术性的骚扰机动，引诱清军消耗炮火，昼夜不间断地佯攻，使得守城士兵白天吃不好，夜晚不能寐。
同时，白泽堂早就和南京城内的天地会部众取得了联络，童强胜带人在围城前扮作难民潜入了城内，和城内天地会部众一道，不断在城内搞破坏，晚上到处粘贴太平天国西王光复金陵的布告，搞得城内人心惶惶，士兵杯弓蛇影。清军虽然知道城内有奸细，但城外攻打甚急，城内将官各存私心，也没人顾得上打击城内奸细之事。随着白泽堂在城内活动的日益扩大，甚至将布告贴到了两江总督衙门外，让陆建瀛更是心慌不已，调了大批人马保卫自己的府邸，同时南京城清军的守城意志不断瓦解，已经是士气全无了。
加之太平军在城外示以仁义，许多南京百姓纷纷盼望太平军入城。在这样的百姓的翘首盼望之下，就算清军强逼着百姓青壮们上城助守，青壮们也是出工不出力，大炮一响就往后跑，清兵拦也拦不住。几次清兵阻拦不住，急得拔刀杀人，更增百姓对清军的怨恨，城内时有发生落单清兵、旗兵被百姓暗杀的事件，清军还道是城内奸细所为，但其实很大一部分是民间百姓干的。民心向背如此，南京城破已是必然。
看城内如死灰一般的士气，萧云贵知道破城时机成熟，便下令太平军在静海寺、天**等地开挖地道，准备实施穴地攻城。这一招虽然有些费事，但却是极为有效的。萧云贵相信，等到威力更大的开花弹和大炮研制出来之后，这种战术将会退出历史舞台，同时在中国大地上横亘了数千年的城墙也将彻底失去作用。
无耻之人张炳垣与知县刘同缨发现太平军开始准备穴地攻城，便献策开挖内壕，在入城口修筑街道营垒，在城中交通干道两旁房屋建设炮火，以防太平军爆破入城，准备开始巷战。这两人的主意不得不说是极为高明的，他们想让太平军陷入巷战的泥沼，就像在城南练勇所用的战术那样，在巷战中拖垮太平军。
但不知何故，这个计策却被陆建瀛拒绝了，或许在他看来城墙一旦攻破，自己最好是收拾细软先逃，还准备巷战做什么？
见自己所献计策被拒绝，无耻走狗张炳垣又提议以炮轰击静海寺，去除太平军挖地道的据点，副将汤贻汾亲自点火炮击静海寺，头一发砲子就命中了静海寺，大殿的次梁便塌卸，但炮火并未能破坏太平军挖掘的地道。
城内白泽堂童强胜等人听闻清军炮击静海寺，便在城内散布谣言，说清军不敬佛祖，败亡在即。清军的这个举动更让信奉佛教的百姓和逃入城内避难的僧侣们恼怒万分，清军一向宣扬太平军毁佛灭教，但众人所见都是太平军没有毁坏庙宇，反倒是清军炮击寺庙，对官府的不信任达到了无以复加的地步。
两天后，静海寺附近城墙的地道三处同时爆破，狮子山方向的城墙被炸开两丈的缺口，但南京城墙颇为高厚，城墙虽然倒塌，但却没有形成通路。
太平军再度花了一天时间挖掘爆破，炮兵又猛烈轰击缺口，终于地道与炮并发，上下一震，狮子山正面城垣，颓卸砖石数层。
早就在城外民房庐舍内藏身的太平军前锋军手持大刀藤牌，从隐藏地涌出来，拼死往缺口冲入，仪凤门告破。
南京城乃是江南第一重镇，城内驻扎不少八旗驻防军，他们这些人知道太平军不会放过满人、旗兵，是以拼死力战，居然表现出了前所未有的战斗力，战斗意志在死神的逼迫下爆发出少有的坚定，在张炳垣带领的团练支持下，和突入缺口的太平军恶战起来。
一边要拼死入城，一边要拼死堵住缺口，短短的十丈缺口之上，在一炷香时分便已经是一片尸山血海。太平军轮番冲击缺口，清军则是玩命般的上前封堵，到处都是人头、残肢乱飞，到处都是鲜血飞溅，到处都是惨叫之声连绵，仪凤门的缺口就像是上古怪兽一般，张开血盆大口，不断的吞噬着人命。
坐镇前沿指挥的林凤祥眼看仪凤门爆破虽然成功，但清军却没有像往常那样溃散，反而蜂拥而来堵缺口，太平军伤亡颇大之下，他急红了眼，操刀便想带着人马亲自上前搏杀。
好在此刻李开芳部的探马来报，白泽堂见城破，号令城内百姓、天地会部众，拿起各式各样的武器，冲杀聚宝门的清军。此时聚宝门守军已大部调往仪凤门增援，所剩士兵很快被白泽堂率领的城内起义军杀散，李开芳部已经率军突入聚宝门，便派人来相约林凤祥部太平军大队在仪凤门聚歼清军。