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自洪荒破碎之后，天地又过了几万年多。
而现在新的洪荒地界东方，经过伏羲这位人皇二十几年的治理，黄河长江这两河流域的人族部落越发的强盛。一日，伏羲在河边静息，却梦见一龟驮河图、一龙马驮洛书而来，醒来一看，发现在身边正是河图洛书。
伏羲本为妖族大圣，圣人女娲娘娘的兄长，曾在紫霄宫听道，可惜在太古之时，受巫妖大战之厄，身陨而殁，投身人族。鸿钧化天道，伏羲命数该证人皇道果，因此有河图洛书来。
伏羲经过对河图洛书的研究之后，画出了充满大道至理的先天八卦图。太极就是一，是道，是天地未分时物质性的浑沌元气。太极动而生阳，静而生阴，是生两仪，一阴一阳就是两仪，两仪又各生一阴一阳之象，也就是一分为二，生出四象，四象即少阳、老阳、少阴、老阴，是谓‘两仪生四象‘。四象再各自生阴生阳，生出八卦。八卦是以八种简单的符号一乾、二兑、三离、四震、五巽、六坎、七艮、八坤代表天地山泽，风雷水火，乃至于万物。八卦按其所代表的东西的性质两两相对，分成四时，每对都是二个性质相反的东西，相对立的站在各一端，即阴阳相对，这四对东西交错起来，就构成了先天八卦方位图，比之老子的太极两仪生四象更加通俗，使修道之人更容易上手。
天地感其功德，在他禅位后，便证得人皇圣位，去火云宫修炼。烈山部落神农氏有大德，为众人敬仰，故伏羲将人皇之位传给了神农。神农得了人皇大位后，除了发明农耕技术外，还发明了医术，开创九井相连的水利灌溉技术等，使东方人族更加兴盛。
黄清当时留下乾坤鼎，实是有大用。想那伏羲、神农乃有大功德之人，可证人皇圣位，而他们用来教化人类的伏羲琴、神农鼎皆是出自乾坤鼎，自是老子炼器，黄清也分功德了。黄清可是欲赚取功德，炼一个堪比老子化胡为佛成就金钢琢的后天灵宝。
又过了几十年，有两道光从三十三天外天落下，一为金黄，一为血红，那道金光落入有熊部落当中，而血红光芒划过长空，向南方而去。黄清见此，闭关而出，径往洪荒而去。
有熊部落首领少典家中，众位部族长老正在恭贺族长喜得贵子，有人进来道：“启禀族长，门外有一道人前来拜访。”
少典自然派人请入，一消瘦年轻道人步入少典家中。见了少典，说道：“贫道稽首了。”
正是鸿蒙道人黄清。少典忙答礼毕，请黄清上坐。黄清也不谦，便就坐下。少典问道：“道人何处名山？甚么洞府？今到此关，有何见谕？”
“我乃天地未开之得道真人，号鸿蒙是也，今在东海蓬莱仙岛修行，此次前来，因与小公子有师徒之缘。”黄清言道。
少典听见“鸿蒙”二字，而且是有道真仙，赶紧问：“仙长莫不是曾救我洪荒人族免于祸难的鸿蒙大神？”
黄清听得一愣，掐指一算，原来当年巫妖大战，以致洪荒破碎，他感人类痛苦，便把他们安置起来，并且教授了他们一些求生的能力。当时人族所剩无几，皆感其大恩，告示后世子孙，要代代建祠，逢节祭祀膜拜。果是种善果，得善恩也。
“然也。”黄清点头道。少典见黄清承认后，忙施礼拜见，又见他有心收自己的儿子为徒，自是大喜，忙叫侍女将小公子抱出。
黄清又道：“此子若未取名，待贫道与他起个名，就与贫道做个徒弟，何如？”
少典自是愿意，道：“愿拜道者为师。”
黄清道：“此子为土德之身，有熊之地又名轩辕之丘，便以轩辕为名，何如？”
少典大喜，谢道：“多承厚德命名，感谢不尽。”
于是，黄清便抱得轩辕而去，教其道行，待其十八岁再让其回来，秉承天命。
当今人皇神农氏传授万民五谷种植之术，人族开始了从渔猎向农耕的转变，神农氏被尊称为“地皇。”在神农氏生活的烈山部落以南有一个比较大的部落，名叫九黎部落。九黎处南疆之地，土地贫瘠，多虫蛇瘴疠，部落穷困不堪。但自从八年前，族长蚩黎的儿子蚩尤出生后，部落来了四个有大法力的能人，他们自称巫师，他们不但能呼风唤雨，还可以驯服虫蛇，调制奇奇怪怪却可以防治瘴疠的葯物。蚩黎将他们留下，教导自己的孩子，并且从部落中选了八十个小孩和蚩尤一起学习。那四个巫师的名字分别叫做刑天
，相柳，风伯，雨师。四人都是巫族遗留下来的大巫，这次是感应到有一个新的大巫出世，找到时却发现是个有着大巫血脉人族小孩。几人尽皆认为巫族复兴有望，以期再染洪荒主角。
蚩尤命八十位少年盘坐在自己周围，赐给每人一滴心血，让他们服下，念动法诀：“天地玄黄，都天神煞，契！”
八十位服下蚩尤心血的少年，只感到脑中一震，神识却是转变，真灵之中刻下了蚩尤的烙印，他们将逐渐变若大巫之体，可以说是蚩尤的同体兄弟。蚩尤自己开始慢慢接收部落大权，并暗中以南疆的毒虫祭炼分身，使他们变成铜头铁脑，力大无穷的怪物。
黄清带轩辕回到蓬莱岛后，让女侍童帮扶照顾，自小便用天材地宝为其筑基。轩辕生而为土德之身，到他修道有所成后，黄清便采摘五行果中的土属性果子给他吃，以养土德之身。那五行果乃开天辟地所生的灵果，五千年一结花，五千年一结果，五千年一成熟，再五千年才能吃得。一棵果树，一次只结五颗果子。吃一个果子，立地成仙；有仙道之人，即增万载修为，可见其珍贵。
黄清每三个月为其讲一次道，教授修道法术，更是感其刻苦，把琴棋书画、渔耕猎医尽皆相授。大道无处不在，天地万物皆可为道，以小道见大道。三皇的人皇之道，也是道。天道所选，轩辕不负所望，天赋过人，短短十多年，便是太乙金仙修为顶峰，不愧天命所归之人。
十八年时间何其短暂，很快就到了。
在蓬莱仙岛外，黄清拿出一件土黄色的金缕衣道：“这是我炼制的土属性法宝，水火不浸，刀枪不入，能护你周身。”
最后递给轩辕一印，正是那先天灵宝崆峒印，同时正色道：“这是先天灵宝崆峒印，为人皇所有，可御真龙之气。到危险时，将有五龙护身，好生祭炼。”
崆峒印，有五龙盘绕，为人皇所用，养浩然正气，任何法术都可破。这轩辕乃是天地人三皇的“人皇”其证人皇功果，不比伏羲、神农，正逢天地又杀劫，将主杀伐之道，合该所得。
在蚩尤开始征讨周边的同时，轩辕回到了南詹部洲有熊部落。少典见到爱子归来自是大喜，自己已经年老，处理部族事务，渐渐有些心余力绌，便顺势将族长之位传于轩辕。轩辕接过首领之位后，励精图治，运用自己学到的知识努力发展部族，有熊部落渐渐壮大起来，轩辕手下也聚集了不少有能力的人，如风后，应龙，伶伦，歧伯，仓颉等等。
其后，神农氏在板泉召开人族部落联盟大会，正式将皇位禅让给轩辕。人皇传位，本来人教教主太清圣人老子要到场见证，但在此前诸位圣人已经相约不可轻出，故太上老君便让弟子玄都大法师到火云宫一行，请伏羲下界参加。
伏羲乘九龙御辇到场，见到神农，伏羲对神农说道：“恭喜皇弟，传了皇位，功德圆满。”
神农道：“见过皇兄。”
伏羲将老子所赐金丹交给神农氏，道：“皇弟尚是凡人之身，此是太清圣人所赐金丹，可速速服下。”
神农氏大喜，道：“善。”服下金丹，证了人皇果位。
当下二人对轩辕道：“待皇弟得证功果时，再行相见。”言罢，两人乘九龙御辇往三十三天火云宫而去。
不久，九黎族蚩尤叛乱，与轩辕相战，欲夺其人皇之位。两军大战，轩辕不敌，后退万里。
却说天宫之中，昊天大帝查知大战终起，见形势对轩辕不利，喜上眉头，命人传王母座下仙子九天玄女前来相助，却是借此之力插手人族之事。那昊天大帝乃苦历过一千七百五十劫，每劫该十二万九千六百年，始证金仙的善人，而享天帝之位。
这昊天大帝却是有一颗野心，欲成那上代天帝帝俊都未曾达到的功绩，真正掌管天地四极。可惜现在天庭正神未封，就连现在差使的仙童仙女也是西王母从昆仑带来的，昊天简直就是一个光杆司令。
因此，他百般讨好瑶池王母，讨那素色云界旗来行事。